7. 兩國論

88年（1999） 7月中共在國際間指稱臺灣係中國「叛離的一省」，對「叛離的一省」之說，新聞局雖以「中華民國是一主權獨立的國家」回覆，但李登輝猶覺軟弱，未事先與美國協商，利用7月9日德國之聲記者來訪機會，對外發表臺灣與中國是「特殊國與國」的「兩國論」。為免「兩國論」引起中國的疑慮，為此李登輝曾透過秘使去電中國解釋，說明「兩國論」僅是既有事實的陳述，而非臺灣的新政策。（一三四  204頁）不料此時海基會董事長辜振甫，接受外界訪問時，重新闡述兩岸會商乃是「國與國的對談」。

陸委會主委蘇起也詮釋﹕「政府今後將不再使用『一個中國』說法，以避免中共用『一個中國』的原則扭曲我方的善意」。
這些說法，終引起中國極大的反彈，將原本定於 10月訪臺的海協會會長汪道涵，以「兩會接觸、交流、對話的基礎不復存在」為由，將汪道涵訪臺日期無限延長。而事前未被告知要發表「兩國論」的美國，正因不久前誤炸中國使館一事，與中國陷入低迷，唯恐此舉會破壞中美關係。且破壞 9月 11日，在紐西蘭 APEC會議中柯江會談，有關「一個中國」問題。

氣急敗壞派人前來了解，前在臺理事會主席卜睿哲亦來臺，表達「華府目前對整個事件是非常的震驚與詫異」。
要求能將「兩國論」解釋為另一種「一個中國各自表述」的詮釋。但美國的意見，卻帶來臺灣內部不同的見解，有人趁此對美抗議，說由於美國政策的偏離，使國際上對「一個中國」的解釋，只有中華人民共和國，中華民國反而不存在了。

雖然如此，陸委會主委蘇起迫於壓力，未獲總統府同意，私自發佈說帖，主張「一個中國，各自表述」論點，甚至以「政策未變，故無所謂修憲、修法、修改國統綱領的問題」。而外交部長胡志強，也私自對外透露與事實相反的說法，表明「臺灣已經向美方承諾未來不修憲、不修法落實兩岸問題」。（一三四  246頁）事實上美國關心的並非臺灣修憲和修法問題，而是柯林頓如何向江澤民解釋的「一個中國」問題。為逼使臺灣放棄「兩國論」，回到「一個中國」政策，中共對臺開始展開心理戰，以部隊調動，備戰演習，並令殲八和蘇愷二十七型戰機，兩度超過臺海中線挑釁臺灣。
8月 13日，中共臺灣辦公室主任陳雲林更在北戴河會議後對外發表：「如果臺灣根據兩國論修憲、修法，和平統一將變為不可能」。

為避免中共故意的挑釁及美國的難堪，李登輝除指示國軍，務要秉持「不挑釁、不示弱」原則自制。
並利用接見扶輪社代表的機會，對外修正發表「兩國論」，以目前定位雖是國與國的關係，但所謂「一個中國」不是指現在，而是指將來民主統一後的「一個中國」。
此種說法不但未獲中共同意，反而指責臺灣違反，至今未為臺灣同意，81年（1992）海峽兩岸均堅持「一個中國原則」的共識。

「兩國論」引起臺海緊張，使得臺灣股票無量下跌。
而臺灣內部也對此意見紛陳，使李登輝意識到要在其任期內要整合這些意見實不可能，只有寄望於未來的繼任者。
同時李登輝也注意到，憲法登錄的中華民國領土，只有「依其固有之疆域」等字，在沒有疆界範圍敘述下，中華民國的領土自可指為臺、澎、金、馬，故無所謂領土修憲問題，同時迫於柯江會談在即，於是同意不修憲，以免再刺激中共。