康熙22年(1683)明鄭降清至清光緒22年(1895),中日甲午戰爭割讓臺灣給日本為止,清朝統治臺灣總計212年。歷經了康熙至光緒等8位皇帝,72位閩浙總督或福建總督,以及總督轄下83位福建巡撫的治理。光緒13年(1887)臺灣建省,建省後又歴經劉銘傳、邵友濂、唐景崧等3位臺灣巡撫的管轄。事實上,滿州人自入關取得中國領土,實出乎意料。因此對於中國以外的土地取得興趣盎然。故在康熙3年(1664),攻下中國最後一塊土地金、廈時,認為已完全取得中國。
至於海外臺灣,則認為沒有攻打必要,故在康熙6年(1667),施琅出兵攻臺,在澎湖遇颱失敗後,就召回施琅,授以內大臣一職,準備予以閒置。並取消沿海禁界命令,令民展界返岸復業。後因三藩之亂,鄭經也加入反清行列,故於康熙17年(1678)重頒禁界命令,加上10幾次招撫都未能成功。使清朝覺悟必要對臺出兵剿除,才能確保國土安全。故利用鄭經死後內部不隱,於康熙22年(1683)派遣靖海侯施琅帶兵攻臺,果然奏效。澎湖一役殲滅明鄭近2萬人,種下明鄭不得不降的主因。
然而,對於是否要治理臺灣則成為爭論。因滿清以10萬兵馬入關,經數10年征戰,急需生養。在不同的種族情結下,如果再因治理海外臺灣耗損國力,恐得不償失。故雖有施琅等一再奏陳,臺灣地位重要且「戶口數十萬」為由,奏請應納入治理並加尊號。但朝廷卻以「臺灣僅彈丸之地,得之無所加,不得無所損。若稱尊號、頒赦詔,即入於矜張粉飾,不必行。」為由回絕。
康熙23年(1684),施琅再以親征來臺的經歷,力陳守臺的重要,他奏陳臺灣不但土地肥沃,物產豐富,且人口眾多。「臣奉旨征討,親歷其地,備見野沃土膏,物產利溥;耕桑並耦,漁鹽滋生,滿山皆成茂樹,遍處俱植修竹,硫璜水籐,糖蔗鹿皮,以及一切日用之需,無所不有。……臺灣人民稠密,戶口繁息,農工商賈,各遂其生。」
像這樣的地方不加以統治只知「徙棄,安土重遷」,致使百姓失業流離實非經營長策。
又說:
「況以有限之船,渡無限之民,非閱數年,難以報竣。
使渡載不盡,苟且塞責,則該地之深山窮谷,竄伏潛匿者,實繁有徙;
和同土番,從而嘯聚,假以內地之逃軍流民,急則走險,糾黨為崇,造舟制器,剽掠濱海。
此所謂藉寇兵而齎盜糧,固昭然較著者。
……甚至此地原為紅毛住處,無時不在涎貪,亦必乘隙以圖。
一為紅毛所有,則彼性狡黠,所到之處,善為蠱惑人心。
重以夾板船隻,制作精堅,從來無敵於海外。
未有土地可以托足,尚無技倆;若既得數千里之膏腴,有以依泊,必倡合黨夥,竊窺邊疆,逼近門庭,此乃種禍。
後來沿邊諸省,斷難晏然無虞。
至時復動師遠征,兩涉大洋,波濤不測,恐未易再建成效。
如僅守澎湖,而棄臺灣,則澎湖孤懸,汪洋之中,土地單薄,界於臺灣,遠隔金、廈,豈不受制於彼?
是守臺灣即所以固澎湖,臺灣、澎湖,連為臂指,沿邊水師,汛防嚴密,各相綺角,聲氣相通,應援易及,可以寧息。」
因臺灣地位重要,實有治臺的必要,故在結論中,他直陳:
「臺灣一地,雖屬外島,實關四省之要害。
無論彼中耕種猶能少資兵食,固當議留;即為不毛荒壤,必藉內地輓運,亦斷斷乎其不可棄。
惟去留之際,利害攸係。
我朝兵力,比於前代,何等強盛。
當時封疆大臣,狃於目前苟安,為計劃遷五省邊地,以備寇患,致賊勢愈熾,而民生顛沛。
往事不臧,禍延及今,致遣朝廷宵旰之憂。」
最後,在施琅力陳下,又獲得大學士李霨等的認同,終於打動康熙治臺決心。
康熙 23年(1684)4月 14日下旨將臺灣納入版圖,清廷於原有明鄭領地內,將承天府改為臺灣府,隸屬福建巡撫管轄,另設台廈兵備道統纜文武。並以曾文溪、二仁溪為界,設置3縣,除臺灣縣,內闢府轄區外,曾文溪以北為諸羅縣,二仁溪以南為鳳山縣,直抵淡水溪(高屏溪)。臺灣縣以下設有臺灣縣丞、新港巡檢、澎湖巡檢。鳳山縣以下設有淡水(高屏溪)巡檢;諸羅縣以下則設佳里興巡檢。
至於武治,除府治設鎮標營置總兵一員外,也以曾文溪為界分設南北兩路協標營,北路置諸羅(嘉義)設副將一員。而南路置於鳳山設參將一員。另於澎湖、安平設水師二協標營各置參將一員,其水師之兵源則由福建之海壇、金門、閩安及廣東之南澳等水師抽調,至此,臺灣始為清朝統轄。