4. 馬英九弊案

任誰也想不到，最後幫助民進黨和陳水扁解決「逼宮」問題的，竟是曾被李登輝稱讚說：「馬英九『clean』」，而吳敦義也說：「馬英九是全台公認的 Mr. Clean」的國民黨主席馬英九。
95年（2006）6月對於陳水扁發生的周遭弊案，馬英九說：「如果阿扁不下台，他會死得很難看。槍已經上膛了」。
同時警告民進黨說：「不重視民意，就是與民為敵。繼續擁抱陳總統，將會永劫不復。」
8月1日說：「陳總統最重要的，是要說實話。」
9月在紅衫軍運動熱烈氣氛下，有人主張為安定社會，希望來次「扁馬會」，不料卻被他罵稱：
「陳總統，從他本人到他的家庭，貪腐到這個程度，還好意思來跟我談法律嗎？他好意思，來跟我們談法律嗎？」

當時馬英九喊得最勤的口號即是「清廉保台」，更要求黨籍縣市長：「一個杯子都不能收」，結果喊後被發現其發言人，卻可以白住別人房子，黨籍立委可以喝花酒，地方幹部可以集體賄選，中常委選舉可以「前金後謝」，說盡了馬英九等人說歸說，做歸做，「欺世盜名」的面貌（《民進黨電子報特刊》「檢視馬英九」2006/8/16）就在民進黨危機，以高道德自許，要求「高標準」審核「國務機要費」的馬英九，11月3日吳淑珍被起訴，他立刻召開記者會表示：「國民黨決定舉行記者會，是抱持沉重心情，因為一個國家元首具有無比崇高地位，卻涉及貪污與偽造文書，國民黨的心情不是見獵心喜，而是哀矜勿喜」。
又說：「陳總統既然已經被司法機關，認定涉嫌貪污與偽造文書，對內來說，已經失去人民信任和尊重，無法領導人民。
對外來說，身為國家元首代表國家，弊案纏身，已經無法有效代表國家。」

故他呼籲陳水扁說：「憲法賦予陳總統的職權，已經無法有效行使，為了臺灣，為了避免社會對立與減少社會成本支出，誠懇呼籲陳總統，以臺灣為念、以蒼生為念，儘快辭職下台。」同時，他也呼籲民進黨：「不要錯過這個歷史時機，應該勇敢承擔責任，展現執政黨應有的擔當，促使陳總統立即下台。」（《馬英九：陳水扁應儘快下台》大紀元，林沂鋒，2006/11/03）
無獨有偶，就在他大聲推薦自己清白，指責陳水扁貪腐時，不料被民進黨立委謝欣霓檢舉，說他將一半特支費納入薪水，一半不知去向，涉及「貪污」，要審計部說明，但不為審計部受理。
對此， 7月 28日馬英九還自信滿滿地，對外公佈說：
「我不會跟私人用途，混在一起，我都用在公益事業，歡迎來查。」
又說：「誰看到我的帳戶，都說我乾淨。」
8月2日又說：「特別費多用做公益用途，與私人生活費分得很清楚。」

由於審計部不受理，謝欣霓於是在 8月 4日，向高檢署查黑中心檢舉，高檢署以「偵字十八號」，授命侯寬仁檢察官查辦。
雖已進入司法程序， 8月 12日馬英九為表清白，接受TVBS訪問時仍說：「特別費主要用於招待、餽贈、犒賞以及公務相關的慈善與公益支出。」 9月 7日接受中天訪問，則稍改口稱：「特別費的用途，有時沒有辦法分那麼清楚，這也是事實，因為所有的人都是這樣。」 9月底又被謝欣霓立委爆料，指「特別費」用於違法領養一隻流浪狗，名叫馬小九。

為此，他特別出面解釋說：「領養費九千九百元，事先不知情，發現不妥，已辦理支出回收，不是還錢。」而猛捉總統「國務機要費」弊端的審計部，卻出面力挺馬英九，並責備懷疑馬英九特別費者「莫明其妙」。直到  11月 14日，馬英九突然被侯寬仁檢察官傳訊，被訊問後的馬英九，對好奇記者發問，好整以暇的回答說：「不會再有第二次約談。」

結果第二日，台北市政府科員余文緊急召開記者會，承認使用他人假發票報帳事實。
結果馬英九立刻以不沾鍋方式，為發票案向市民道歉，他說：「事前不知，太忙，督導不周，羞愧自責」。
同時，不忘把責任撇清，還一味指責國務機要費，他說：「市府的特別費是由科員主導，而國務機要費的報銷，是由陳總統親自操盤，相信自己禁得起司法的檢驗。」

11月 17日查黑中心發現，馬英九每月由薪資帳戶，匯款 20萬元給太太周美青，已涉及貪污。
因此開始傳訊周美青。當記者問他，若遭起訴是否請辭黨主席，他說：「若被起訴，依黨章停止黨權」。
20日，對外表示不必等人捉弊，國民黨會先自行捉弊。因此成立國民黨廉能會「六人小組」調查本案。

而民進黨立委則乘勝追擊，另外告發27位高官特別費，他則語帶威脅的說：「若有事，綠營天王也都跑不掉。」
等到 23日，又被約談，有記者就問他說：「市長上次不是說，不會有第二次約談嗎？」
馬英九竟然回答：「我沒有說過，報上有這樣的報導，但是我沒有說過。」