大概是公元開始的前後,隨著銅、青銅及鐵器等金屬器具的發現,人類進入了另一個重要的變化。這個變化也影響臺灣,將臺灣的歷史從新石器時代推演到銅器時代,甚至鐵器時代。這個時期從2千年前一直推衍到4百年前,荷蘭人開發臺灣,開始有歷史的記載為止,總計約1千6百年左右。
這個時代因為距離現代較近,所以出土的遺址文物較多,可說涵蓋全島,但其中比較有代表性的,為分佈在臺灣北部的臺北盆地,和整個北部海岸地區,以臺北縣八里鄉十三行遺址為代表,所謂的「十三行文化」。分佈在臺灣中部一帶,海岸線則以臺中縣大甲鎮,番仔園遺址為代表的「番仔園文化」。以及離海岸線稍遠,被發現在南投縣集集鎮,田寮園遺址為代表的「大邱園文化」。
臺灣南部,則有北到嘉南平原、南到高屏海岸等廣大地區,以臺南縣永康鄉出土的遺址為代表,因出土的陶器很多具有鳥首形,故又稱為「蔦松文化」。以及在嘉義、雲林沿海一帶,順著濁水溪發展,以雲林縣、濁水溪旁崁頂遺址為代表的「崁頂文化」。此外,分佈在花東海岸地區,分別在花蓮和臺東沿海一帶出土的,有花蓮縣豐濱鄉「靜埔遺址」,臺東縣長濱鄉「白桑安遺址」,以及東河鄉馬武窟溪南岸,陸續發現的幾個遺址,我們統稱為「靜埔文化」。而位於臺灣最南端的屏東龜山,也有出土遺址發現,我們稱之為「龜山文化」。
這一系列的考古發現,可以知道臺灣發展到400年前已是一個人口稠密的區域,其考古文化的遺跡涵蓋全島,這時期的文化特徵雖然每個地域特色各有不同,但大抵而言,可以以「十三行文化」做為代表加以敘述,臺灣考古學者臧振華在《臺灣考古》一書中如此介紹:
「十三行文化主要分布在臺灣北部地區海岸和臺北盆地,以臺北縣八里鄉十三行遺址為代表。
該遺址因為受到『八里污水處理廠』建廠工程的破壞,而由中央研究院歷史語言研究所考古組進行了大規模的搶救,出土了大量文化遺物豐富了我們對於這個文化的認識。十三行文化的陶器以紅褐色夾砂陶罐、瓶、缽和盆等為主,質地堅硬,大多飾以方格、菱眼、圓圈、刺點、平行線等幾何形花紋,與晚近臺灣北部的凱達格蘭族和蘭陽平原的噶瑪蘭族所使用的陶器甚為相似。石器不多,僅有凹石、石鎚、石支腳和石紡輪等生活用具;骨角器主要是裝飾品和矛、鏃和魚鉤等;大多數生產的工具和武器可能是以鐵製作。
『十三行遺址』出土的煉鐵遺跡說明當時的居民已具備了煉鐵的知識和能力。這個文化的聚落主要是位居海邊和河湖邊,房屋可能是木造干闌式的,居民以種植稻米等穀類作物為生,但是捕魚、採貝和狩獵仍然是重要生活方式。他們也與臺灣島內和島外其他人群包括漢人進行交易;交易的物品包括漢人的銅器、銅錢和瓷器,以及金、銀、銅和玻璃飾物等;十三行遺址,也出土了唐宋時代的漢人銅碗、銅錢和瓷片。在埋葬的習俗方面,流行側身半屈肢,頭向西南的葬式。」(五八63頁)
各地區的遺址都表現出製作彩陶、黑陶有較高技術外,也都發現有壺、碟、甕、碗及有把手的杯和瓶。也有金、銀、銅、玻璃,以及鎏金青銅碗,銀管等飾物,也代表著他們已經與外面的人開始有貿易,同時也知道鐵器的使用。這時代的遺址,因著各地區的不同,表現出不同的特色是理所當然。
但令人訝異的是,同樣位於嘉南平原在臺南縣永康鄉被發現的「蔦松文化」,與雲林縣被發現的「崁頂文化」,卻發現有完全不同的器物和風俗,可見臺灣當時已是個多族群雜居的社會。難怪1624年荷蘭人佔領臺灣時,初以為臺灣全島語系皆應相同,就以位於臺南安平附近的平埔族新港語為代表,以羅馬字音翻譯聖經,準備施行全島教化,可是後來傳教到雲林縣平埔族華武壠族時,卻發現他們係另外使用一種語言,所以才又由赫巴迪牧師重學華武壠語,重編當地教材。而對位於高雄屏東一帶的教化也是如此,遭遇困難,1657年巴達維亞方面寫了一封措詞強烈的信給臺灣教會,信上說:
「經過那麼多年,我們現在才驚訝的發現南部的居民,是以一種他們無法了解的語言在接受教育。」(三九368頁)
經由這些遺址出土,更可確定同樣生活在臺灣,這塊土地的各個平埔族群,他們的文化所以相異的地方。
至於荷、西統治以前,是否已有漢人在此居住,目前尚缺佐證,雖然雲林縣北港附近,曾從河道中挖出宋幣,使人以為宋朝時,即有漢人來往居住,但清人朱仕玠在所著「小琉球漫誌」中曾云:「臺地用錢,多係趙宋時幣,如太平、元祐、天禧、至道等年號,錢質小薄,千錢貫之,長不盈尺,重不越2斤。」清轄不用清幣,而用宋幣,因用宋幣係平埔族人舊習,可以知道清轄時期,北港早成臺灣平埔族對外貿易的港口,甚至宋朝,而非漢人在此居住之證據。