2014年 11月 29日九合一選舉,國民黨敗選,每個選區的差距很大, 22縣市長選舉,國民黨得 6席,民進黨得 13席,包括台北市在野大聯盟,柯文哲以 85萬票贏過連勝文60萬票,總計無黨籍得 3席。這是國民黨 1949年撒退來台,未曾有過的挫敗。
國民黨當選縣市有新北市、新竹縣、苗栗縣、南投縣、連江市和台東縣等六縣市、至於台北市、花蓮市和金門縣則由無黨藉取得。
其餘全是民進黨天下。檢討國民黨敗選原因,馬英九施政無能,私心自用,且不得民心成為首選,不只嘉義市耐斯集團陳以真,有人在中山路噴水池旁,高掛「票投陳以真,就是支持馬英九」,使得原本領先的民調逆轉,最後敗給前衛生署長凃醒哲。
雲林縣也是如此,張榮味妹妹張麗善代表國民黨參選雲林縣長,結果只因對手民進黨李進勇以布條書寫:「票投張麗善,就是支持馬英九」,將廣告到處貼,就輕易打敗在地經營十幾年的張家兄妹,張榮味敗選後,很不甘願說出:「數十載經營竟然不敵『馬英九』三字。」
對外宣佈說要退出政壇。可以看到馬英九是多麼讓人厭惡。
不僅台灣各縣市,被認為代表的六都也是如此,六都中僅新北市朱立倫以些微的 2萬 4千票勝選游錫堃,其餘五都,包括升格後桃園市,吳伯雄兒子現任市長吳志揚也敗給鄭文燦,台中胡志強、台南黃秀霜、高雄楊秋興等三都,也都以極懸殊比例敗在林佳龍、賴清德和陳菊等人手中。
尤其台北市連勝文,竟以 24萬多票差距敗給柯文哲 85萬票,這是自稱「藍大於綠」未曾發興的事。
敗選後馬英九為推衘敗選責任,立刻批准曾永權辭去黨執行長,且讓江宜樺辭去閣魁,還以「我們堅信國家總路線沒有輸」,企圖戀棧黨領導中心,為自己倒行逆施舖陳後路。然而在社會巨大壓力下,有人要求馬英九雙辭,就是辭去黨主席和總統雙職,最後馬英九以總統憲法保障,12月 3日選擇辭掉國民黨主席。
根據報導,12月 3日馬英九原本拒辭黨主席,後來周美青告知,若不辭黨主席,將來他和兩個女兒走在街上,都會被人唾棄不容於世,才迫使馬英九 12月 2日國民黨中山會報宣佈請辭,隔日中常會請辭,並由已辭當副主席的副總統吳敦義,民間俗稱「白賊仔義」回鍋代理黨主席。
2014年 12月內閣總辭,原來以為會有新氣象,結果辭掉的只是江宜樺,由毛治國接手,張善政為副院長,走的人除文化部長龍應台,其餘都留任。許多人以為把國家治理成這樣,一二位羞恥心的人,早學日本武士道切腹,沒想到馬政府竟無一人反省,檢討敗選原因,管中閔還說:「當初怎麼來,現在怎麼走。」但最後還是留任毛內閣。
反而是落選台北市議員的楊實秋表示:「落選是自己能力不足,與馬金無關,但馬金體制、金馬防線應完全放權,國民黨才有重生契機,既然馬都辭黨魁了,金溥聰為何不辭。若金溥聰沒辭職,不管誰當行政院長都是傀儡,誰當黨主席都是玩偶,為選舉負責,就是馬金體制雙辭。」
同時拿出四十年黨證感嘆著說:「這個黨幾乎被馬英九主席親手毀滅。」(五○六)
對於金溥聰繼續擔任國安會秘書長,許多民進黨人士都認為,馬英九當總統,還可利用金溥聰掌控的情治機關,遙控行政院長,那對於內閣改組根本毫無意義。」