太平天國雖然失敗,但卻改變了清朝滿人統治的局勢。原來太平天國在咸豐3年(1853)佔領了南京,定都為「天京」後,馬上開始了西征和北伐。所謂西征,就是向西,征討曾被太平軍佔領,後來卻又陷入清兵手中的武漢3鎮,即是武漢、漢口和漢陽等地。而北征就是派兵直搗天津和滿清的首都北京。北征初期雖順利,並進軍離北京僅240里處,造成全國震驚。但終因南軍不耐北方酷寒,加上後繼補給不力,功敗垂成,太平軍為清將僧格林沁所敗。而西征軍雖已攻下了武漢3鎮,但南下湘潭時,卻遭遇了勁敵,即由曾國藩在湖南,所率領的團練湘軍。
太平軍北伐雖敗,但發現清兵也無力平定太平軍。不但如此,對太平軍兩大威脅的「江南大營」和「江北大營」,也分別敗在太平軍手中。咸豐6年(1856)江南大營就為楊秀清所破。可惜,就在清朝無力平定太平軍時,太平軍反因爭權相互殘殺,先是楊秀清被殺,接著西征的石達開出走。後來又有韋昌輝和秦日綱被殺。雖然在咸豐9年(1859)江北大營及安徽境內的湘軍,也敗於李秀成和陳玉成之手。但太平軍已因內鬥,耗盡力量。加上太平軍雖屬基督教,但因洪秀全自稱天王,與西方信仰即有落差。而太平軍又計劃進攻上海,爭奪西人自認的殖民地盤,結果引來西人反對。
事實上,當時清朝面對的敵人並不只太平軍,英法聯軍也因為有一艘中國船叫「亞羅船」,在香港註冊懸掛英旗。但因註冊過期,窩藏人犯,中國士兵上船搜查時拔去英旗,因此被指責侵犯英國。加上廣西西林知縣懷疑法國神父通敵,將之逮捕處死,因而爆發了咸豐8年(1858)英法聯軍攻入天津事件,清朝兵敗,被迫簽訂天津條約。但在雙方都對簽約內容不滿時,第二年換約再爆衝突,戰爭再起,英法聯軍攻入北京,燒毀使中國損失慘重的圓明園,逼使清朝不得不降。咸豐10年(1860)與英法,及周旋其中的美俄,簽訂了「北京合約」。
不平等條約簽訂,使得英法美俄等四國,認為目的已達且為保護利益。故不願太平軍攻打上海。甚至組軍抵抗,像美人華爾(Frederick Townsend Ward)、白齊文(Henry Andrea Burgevine)、英人戈登(Charles George Gordon)就組「常勝軍」(十五42頁),協助湘軍攻擊太平軍,成為同治3年(1864)6月南京被攻陷,太平軍失敗原因。太平軍雖失敗,但對清朝的政治,卻引起很大的影響。一方面是促成滿人權力的移轉,也就是清朝雖由滿人統治,但實際的督撫權力則開始由滿人壟斷的局面,轉至曾國藩、李鴻章、左宗棠等平定太平軍有功的漢人手中。另一方面則是這些漢人,因為平定太平軍,與外國人有了接觸,不僅得到外國人很多協助,也因此認識了外國的「科技」。知道必須學習的重要,因而大力提倡洋務運動,這就是後來被史學家稱為「自強運動」的由來。
清朝也意識到無力單獨統治中國,像南方太平天國革命時,北方也發生了捻亂及陝甘的回亂。所謂「捻」,就指黃河下流和淮河流域一帶,部份農民以民族主義為號召,而有的秘密結社。原不敢為亂,直到太平天國北伐才起而響應。清朝雖派兵掃蕩,但卻為捻軍大敗。其中打敗太平天國北伐軍的僧格林沁,同治4年(1865)在山東幾乎全軍覆沒,僧格林沁因而戰死。捻亂之大,遍及中北部8省,最後也是在李鴻章和左宗棠等軍合作下,才得以辛苦剿平。
而陝甘回亂,則因同治元年(1862)太平軍餘勇進入陝西導致,在原有總督楊武斌無力進剿下,改派左宗棠為陝甘總督,費了很大力量,才在同治10年(1871)平息。但左宗棠最重要的戰役,則是浩罕人阿古柏佔領新疆,同治7年(1868)自稱為王,完全脫離清廷統治,且俄國人也趁機佔有伊犁。在此情況,清朝已無力收復新疆,李鴻章也主張放棄停止西進,唯獨左宗棠力排眾議,於光緒2年(1876)出兵新疆,經八個月奮戰,終於該年11月收復了淪落13年的新疆。