3. 武官總督治台初期

由於臺灣混亂及持續抗日，使日本頭痛不已，甚至日本議會有人倡言以1億元賣給法國。
而真正能終結臺灣此種亂象的，則是明治 31年（1898）二月上任的兒玉源太郎總督，和後藤新平民政長官。

兒玉源太郎中將在台 8年，他除是臺灣總督外，明治 33年（1900）起也身兼日本陸相、內相和文相等重要職位。
日俄戰爭時甚至以滿洲軍總參謀長身份出征。因此他的政績，完全由總督府的民政長官對臺灣建設非常有貢獻的後藤新平負責。
後藤新平為日本岩手縣人，苦讀出身曾留學德國，歷任日本內務省衛生局長。
明治 28年（1895）負責對甲午戰爭返國的兵員檢疫，採用有效的方法竭止病菌流行，為兒玉源太郎賞識。
隨著兒玉總督來台，被聘為總督府「民政局長」後改稱為「民政長官」。

由於乃木希典的去職係因總督府人事腐敗，故後藤長官上台第 1件事就是大刀闊斧整頓人事，將總數達 1千多人的日本官員免職遣送回國。而對於那些自認攻台有功，且以為日後仍需依恃其力對抗臺灣反抗兵的軍方，過去總督都採放任態度，他們也常趾高氣揚的干涉行政，這是造成臺灣行政紊亂的主因。後藤長官卻能在兒玉總督支持下借機壓制軍方，使軍方不得不退出行政，開始臺灣真正的民政。
其次便是整頓在台日人的風氣，明治31年（1898）約有2萬5千名日本人移民來台（一四一36頁）。
這種移民都以一到臺灣即可發財的心態，豪取強奪、貪污腐敗，種種不法罄竹難書，成為臺灣人厭惡和反抗。
為管制這些素行不良的日人，後藤長官在明治 33年（1900）訂定「臺灣保安條例」，規定凡妨礙到臺灣統治的日本人，一律可勒令其離去。並頒佈「臺灣新聞紙條例」，控制臺灣的言論。

後藤新平對台雖採取「殖民地政策」，但卻以「生物學原則」治台。所謂「生物學原則」，就是認同生物的自然成長環境，這些環境自然存在，不能以人為加以規劃，也就是採取「無方針」為治台方針。對過去一再禁絕的臺灣不良習慣及習俗，不以禁絕為目的。同時，他極清楚傳統平埔族的族群勢力，光靠武力是無法征服的。他批評過去政策為伐台而非治台。因此對於反抗軍，他也以「生物學原則」，說明族群的私有保護領域。對於這些反抗力量，他說：「要先經由調查，才能找出新的討伐政策，光憑武力是無法消滅的，惟有透過說服及給予工作，才能收到鎮壓之效。」（七十144頁）

他不但取消「三段警備制」，並重新規定軍隊出兵時，都須向民政部門申請，避免無謂的濫殺。明治31年（1898）6月，徵得兒玉總督同意，他頒佈「匪徒刑罰令」，改變過去對所有反抗者皆視為「土匪」而加以剿滅的做法，改以招降政策，不但「自首」無罪，還給予從事土木建設經費。同時在8月，更頒佈「保甲制度」。讓臺灣人以10戶為1「甲」，10甲為1「保」，以「連坐」方式，讓他們不僅從事戶口調查，修築道路，環境衛生以及傳染病預防等工作外，更能互相監視，否則就要受「知罪不報」的連坐處份。

兒玉總督在「匪徒刑罰令」頒佈後不久，該年 7月北部就有曾圍攻宜蘭、台北的林火旺、陳秋菊等反抗人士，各率千人來降。後藤新平啟用這些人，開始臺灣道路、橋樑和醫院的建設。其中陳秋菊歸順後，不但被授以「紳章」，而且取得樟腦製造權成為巨富（八八124頁），而林火旺卻因叛反而被殺。然而就在這時，總督府改變臺灣行政區從過去六縣改為三縣。並在該年 10月實施新稅則，改「納穀制」為繳貨幣，並開徵布料、石油、生產及交易等稅，這些都被誤為日本準備搜括後，撤軍回日的舉動，使得全島抗日風潮又起。尤其是南部，後藤新平只得派兵前往征討，鑑於過去日兵濫殺行為。後藤新平此次不只嚴格要求部下，且採取對小頭目勸降，以瓦解大頭目勢力的戰術。
同時對大頭目開出有利條件，使得南部的柯鐵和黃國鎮等人，不得不在明治 32年（1899）3月歸降，而鳳山的林少貓，也於5月出面接受招撫。這些原本團結的地方勢力，卻因歸順獎金發放不均反目相殘。
而柯鐵病世，也產生權力爭奪。加上他們以為仍可像在中國統治下擁有武力，不停添購軍械。

明治33年（1900）中國爆發「義和團事件」。
這件最後引起八國聯軍攻入北京，中國被迫簽定中國近代史最大屈辱和不平等的「辛丑條約」。
然而「義和團事件」發生當時，以為中國即將過海來對抗日本，更是肆無忌憚。
像這種直接向日本中央挑戰做法，可說與日本政策背道而馳。
由於各地仍經常叛反，明治 34年（1901）5月又發生襲擊日本派出所的「崙背事件」，11月又發生「樸仔腳事件」。
使得日本討伐軍在不勝討伐下，決定設計「奇策」一舉平定臺灣。所謂「奇策」，就是在日軍不斷討伐下，對困獸猶鬥的抗日軍再度實施「招降政策」。然後將這些願招降的各地反抗軍，定在同一日全省同步舉行儀式，然後一舉撲殺。明治 35年（1902）5月果然按照計劃，在斗六、林圮埔、土庫、西螺、他里霧等地舉行招降儀式。使得許多抗日主力，終在日本陰謀下被誘殺身亡（七十  182頁）。
反抗軍遭此一擊，終至無力反抗，臺灣抗日勢力漸次式微。最後，連在鳳山一帶的林少貓，也在五月底被殺，8月23日日本終於平定了臺灣。根據日本人統計，總計臺灣人因叛反被殺有 32,000多人，其中死在兒玉總督手中的就有 22,000人（七七93頁）。
而臺灣總督府為達長期鎮壓果效，明治 37年（1904）更頒佈授權警察、憲兵可隨時捉人，任意處置的「犯罪即決令」（二二78頁）。
臺灣能早日平定，也許是日本的幸運。使得明治 37年（1904）爆發的日俄戰爭，因此未受臺灣動亂的影響。