3-1 三大調查

臺灣各地雖有反抗，但以「生物學原則」治台的後藤新平，為開發臺灣，同時展開對台日後建設影響頗巨的 3大調查。
即土地調查、戶口調查和風俗舊慣調查。

土地調查開始於明治 31年（1898）9月，成立了「臨時臺灣土地調查局」，動員八百人，不只對地形、地貌、面積加以調查，也確定所有權。因此使臺灣耕地，從原來只有36萬7千甲，增加到 63萬4千甲。土地稅收也從86萬元增加至 299萬元，總計增加 3倍（七十  189頁）。同時為解決過去「大租戶」不斷轉租的不合理現象，明治 37年（1904）將每年小租戶須支付大租戶，相當於土地收成 1/10，總計為 107萬多圓的大租額，以總督府發行，年期30年利息5分的臺灣公債，以及臺灣事業公債，總計367萬多元，全部以買斷方式，一舉消滅大租戶的存在，確定了臺灣土地國有政策。

這件被喻為與日本「廢蕃置縣」一樣偉大的政策，使臺灣小租戶及佃農直接取得土地免去層層的剝削（二三○86頁）。大租戶則可以債券，轉而投資工商業。這與日本敗戰後，來台治理臺灣的國民黨政府實施以小租戶為對象的「375減租」，有異曲同工之效。這些公債除小部份資金，像以 22萬圓成立的彰化銀行、25萬圓成立的嘉義銀行、20萬圓成立的臺灣製麻會社等本土企業外。其餘都因對日本統治沒信心，以低價被日人收購，臺灣大租戶至此沒落（二二41頁）。

由於此次調查，不僅將土地所有權確定，避免過去土地紛爭，使土地可以自由買賣。而且臺灣因剛納入版圖，在日本本國仍課徵百分之25點5的地租時，對臺灣卻只課5％的稅金，此種作為雖為當時德政。但因仍比朝鮮課徵的3.9％成為有心人醜化對象（二三○  87頁）。
不管如何，後藤時代的土地調查，對臺灣近代土地投資和產業革新有重要貢獻。而戶口調查則遲至全台平定方能進行，故遲至明治 36年（1903）才展開。而完成於明治 40年（1907）的戶口調查，不僅確立臺灣人數，奠定戶籍制度，更包含職業和犯罪等資料。一舉解決過去滿清頭痛的游民問題，可說對臺灣做了一項最徹底的國力調查。

由於日本與臺灣兩地傳統文化和風俗不同，故即使日本已命令將民法、刑法、商法及附屬法律在臺灣施行，但也僅能及於在台的日本人。因此若要使臺灣成為法治社會要件，對臺灣的風俗舊慣調查就非常重要。明治 34年（1901）成立「臨時臺灣舊慣調查會」，由京都大學教授岡松參太郎，及織田萬來負責調查工作。他們所調查後的浩翰資料，不僅對當時的臺灣很有貢獻，也成為臺灣日後的重大文化遺產。這些資料，都是促使臺灣走上現代化開發的要件。

對於地方治安，後藤沿用清朝時的保甲制度，在明治 31年（1898）公佈令臺灣人互相監視的「保甲條例」。
所謂保甲制度，乃指居住地方 10戶為 1甲，10甲為 1保。
若有人犯罪，「保與甲的人民有各連坐的責任，連坐者並得科處罰金。」由於罰金之重，讓受罰者吃不消，所以必須要舉發，以保護地方安寧。像明治 34年（1901）發生的樸子腳事件，在當時每日工資只有 2角多，但連坐者卻被科以 1,400多圓。使得很多人不得不報案，這是促使臺灣抗日者很快被消滅的原因（七七96頁）。
但這種源自清朝，日本國內並不實施的政策，因為強迫無罪的人，要去擔當別人的罪且同被刑罰，嚴重違反人權自由，故成為後來臺灣民主運動，反對日本獨裁的重要指標和項目。