3-4 臺灣醫療設施

此外，為建構臺灣的醫療設施，明治34年（1901），後藤長官制定「臺灣醫師資格規定」，開始推行臺灣醫療的近代化與制度化。同時為確保衛生改善資金的由來，他設立「公共衛生財團」，規定民營市場、屠宰場、以及市街庄等公營事業皆須徵收租金，做為地區衛生改善和傳染病預防費用。

由於臺灣醫院無法普及鄉下，後藤長官修改總督府的醫療制度。
將屬於地方行政機關的醫院，改由總督府直轄。
讓總督府可在各地廣設醫院，增加人民就醫機會。
然而為了讓醫師能自願下鄉，他以總督府命令頒佈「臺灣公醫規則」，讓許多醫師成為公醫，派到指定的地區去從事醫療工作。
這些公醫先在日本招募，使不同地區享有不同待遇。
一等地月俸為 50圓，二等地 70圓，三等地為 100圓，至於邊區則享有更優沃待遇。
如此方能使他們甘願冒著生命危險，與瘴癘、惡水、凶刀甚至和子彈奮鬥。
此外，這些公醫也須在責任區內，負起指導警察做防疫、檢查及教育等的衛生工作。
這個制度實施後，在日本起初即有 100多人報名參加。臺灣的公醫制度，可說源於傳教士，
後藤長官來台後發現這些來台的傳教士，都願為宗教理由，深入鄉區從事醫療。他曾在演講中說：
「從外國的殖民地政策來看，任何國家都是用宗教力量來輔導統治。現在已證明，外國傳教士兼醫師的感化已成見效，可見依賴精神信仰來達成目的是可行。……然而我國卻沒有完全的宗教，但為達到同樣拯救人心的疾病，以及促進國家統一的政策，那就是要採用公醫制。」（二三○137頁）

他利用金錢和對帝國的忠心，驅使許多醫師來台，並且深入鄉間。也因如此，使得臺灣從基隆到高雄，甚至鳳山和澎湖許多地方都能廣建醫院。而人跡較少的地區，像恒春、台東等地也能設有診療所。新藤甚至也鼓勵日本醫師來台設置診所，曾在日本大阪府、神戶縣立等醫院任職的今村左太郎醫師，在基隆市開業為臺灣第1位開業醫師。根據統計，明治 30年（1897）全台公醫院 17所，私醫院 12所，共計 29所。但到昭和 9年（1934），公醫院計 35所，私醫院 182所，合計共 217所（二三○139頁）。臺灣醫療設施呈飛躍式的成長。

經過後藤長官的努力，臺灣衛生體系因此逐漸被建立起來，為了配合地方的衛生改善能力，譬如是公醫費、消毒費、傳染病預防費、污水清除費、衛生檢查費，以及自來水費，除由地方稅金支付外，若不足則由國庫補助。同時為養成臺灣人愛清潔習慣，明治 38年（1905）以訓令公佈「大清潔法實施規則」，規定每年春秋兩季的 3月和 9月全台實施大掃除。要求各家庭隨時清掃，天晴時拿出棉被和傢俱來晒並拍打。警察並可經常檢查各家庭的清潔狀況。因日本政府不停的改善衛生，使得臺灣死亡人數，從明治38年（1905）每千人死亡 341人，到大正元年（1912）的 25.3人。甚至到昭和 10年（1935）人口年成長 24％（一二五5頁）。
不僅有顯著成績也使臺灣的死亡平均年齡，從 30歲提升到 60歲（二三○  143頁）。
締造其他國家未曾有的成功案例。

不幸的是，日本領台因傳染病十分盛行，為消滅病菌，在明治 29年（1896），聘請日本有名的東大病理教授緒方正規、山極勝三郎以及堀內次雄等人來台。然而他們在臺灣的病理研究，卻遭到臺灣人反抗。他們認為醫師用藥水消毒，將冷水灑在死人身上，會禍及家人死亡，而且對醫官解剖病患遺體及火葬主張，都將使親人因此下地獄抗爭不已。這些後來證明是迷信的反抗，卻成為較老一輩臺灣人直到國民黨來台，對日本人仍存在的宿怨。

然而不管臺灣人的宿怨如何，對於消滅臺灣的傳染病，日本政府仍交出亮麗的成績，譬如說為消滅瘧疾，這在明治 30年（1897）才被英國人熱帶病理學家羅斯（Dr.Ronald Ross）發現係由瘧蚊引起，羅斯因此在明治 35年（1902）獲得諾貝爾獎。這對日本攻台時，造成莫大死亡的瘧疾，也在日本學者木下嘉七郎、羽島重郎、小泉舟以及森下薰等人的努力下，獲得改善。而木下更於羅斯發現瘧蚊後2年，就提出臺灣瘧蚊 11種，加上變種共計16種的論文報告，裏面詳述瘧蚊的各種生態，和疾病傳染的途徑。臺灣還有經常會造成數萬人死亡，以老鼠為媒介的黑死病，日本政府從治台之初就鼓勵滅鼠，但成效不彰。直到明治 41年（1908）後藤長官在佐久間總督任內開始獎勵滅鼠，直到大正 13年（1924），總計17年間，共捕獲老鼠 5,411萬多隻（二三○141頁），可見日治初期臺灣環境之惡劣。