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3. 武官總督治台初期

由於臺灣混亂及持續抗日,使日本頭痛不已,甚至日本議會有人倡言以1億元賣給法國。
而真正能終結臺灣此種亂象的,則是明治 31年(1898)二月上任的兒玉源太郎總督,和後藤新平民政長官。

兒玉源太郎中將在台 8年,他除是臺灣總督外,明治 33年(1900)起也身兼日本陸相、內相和文相等重要職位。
日俄戰爭時甚至以滿洲軍總參謀長身份出征。因此他的政績,完全由總督府的民政長官對臺灣建設非常有貢獻的後藤新平負責。
後藤新平為日本岩手縣人,苦讀出身曾留學德國,歷任日本內務省衛生局長。
明治 28年(1895)負責對甲午戰爭返國的兵員檢疫,採用有效的方法竭止病菌流行,為兒玉源太郎賞識。
隨著兒玉總督來台,被聘為總督府「民政局長」後改稱為「民政長官」。

由於乃木希典的去職係因總督府人事腐敗,故後藤長官上台第 1件事就是大刀闊斧整頓人事,將總數達 1千多人的日本官員免職遣送回國。而對於那些自認攻台有功,且以為日後仍需依恃其力對抗臺灣反抗兵的軍方,過去總督都採放任態度,他們也常趾高氣揚的干涉行政,這是造成臺灣行政紊亂的主因。後藤長官卻能在兒玉總督支持下借機壓制軍方,使軍方不得不退出行政,開始臺灣真正的民政。
其次便是整頓在台日人的風氣,明治31年(1898)約有2萬5千名日本人移民來台(一四一36頁)。
這種移民都以一到臺灣即可發財的心態,豪取強奪、貪污腐敗,種種不法罄竹難書,成為臺灣人厭惡和反抗。
為管制這些素行不良的日人,後藤長官在明治 33年(1900)訂定「臺灣保安條例」,規定凡妨礙到臺灣統治的日本人,一律可勒令其離去。並頒佈「臺灣新聞紙條例」,控制臺灣的言論。

後藤新平對台雖採取「殖民地政策」,但卻以「生物學原則」治台。所謂「生物學原則」,就是認同生物的自然成長環境,這些環境自然存在,不能以人為加以規劃,也就是採取「無方針」為治台方針。對過去一再禁絕的臺灣不良習慣及習俗,不以禁絕為目的。同時,他極清楚傳統平埔族的族群勢力,光靠武力是無法征服的。他批評過去政策為伐台而非治台。因此對於反抗軍,他也以「生物學原則」,說明族群的私有保護領域。對於這些反抗力量,他說:「要先經由調查,才能找出新的討伐政策,光憑武力是無法消滅的,惟有透過說服及給予工作,才能收到鎮壓之效。」(七十144頁)

他不但取消「三段警備制」,並重新規定軍隊出兵時,都須向民政部門申請,避免無謂的濫殺。明治31年(1898)6月,徵得兒玉總督同意,他頒佈「匪徒刑罰令」,改變過去對所有反抗者皆視為「土匪」而加以剿滅的做法,改以招降政策,不但「自首」無罪,還給予從事土木建設經費。同時在8月,更頒佈「保甲制度」。讓臺灣人以10戶為1「甲」,10甲為1「保」,以「連坐」方式,讓他們不僅從事戶口調查,修築道路,環境衛生以及傳染病預防等工作外,更能互相監視,否則就要受「知罪不報」的連坐處份。

兒玉總督在「匪徒刑罰令」頒佈後不久,該年 7月北部就有曾圍攻宜蘭、台北的林火旺、陳秋菊等反抗人士,各率千人來降。後藤新平啟用這些人,開始臺灣道路、橋樑和醫院的建設。其中陳秋菊歸順後,不但被授以「紳章」,而且取得樟腦製造權成為巨富(八八124頁),而林火旺卻因叛反而被殺。然而就在這時,總督府改變臺灣行政區從過去六縣改為三縣。並在該年 10月實施新稅則,改「納穀制」為繳貨幣,並開徵布料、石油、生產及交易等稅,這些都被誤為日本準備搜括後,撤軍回日的舉動,使得全島抗日風潮又起。尤其是南部,後藤新平只得派兵前往征討,鑑於過去日兵濫殺行為。後藤新平此次不只嚴格要求部下,且採取對小頭目勸降,以瓦解大頭目勢力的戰術。
同時對大頭目開出有利條件,使得南部的柯鐵和黃國鎮等人,不得不在明治 32年(1899)3月歸降,而鳳山的林少貓,也於5月出面接受招撫。這些原本團結的地方勢力,卻因歸順獎金發放不均反目相殘。
而柯鐵病世,也產生權力爭奪。加上他們以為仍可像在中國統治下擁有武力,不停添購軍械。

明治33年(1900)中國爆發「義和團事件」。
這件最後引起八國聯軍攻入北京,中國被迫簽定中國近代史最大屈辱和不平等的「辛丑條約」。
然而「義和團事件」發生當時,以為中國即將過海來對抗日本,更是肆無忌憚。
像這種直接向日本中央挑戰做法,可說與日本政策背道而馳。
由於各地仍經常叛反,明治 34年(1901)5月又發生襲擊日本派出所的「崙背事件」,11月又發生「樸仔腳事件」。
使得日本討伐軍在不勝討伐下,決定設計「奇策」一舉平定臺灣。所謂「奇策」,就是在日軍不斷討伐下,對困獸猶鬥的抗日軍再度實施「招降政策」。然後將這些願招降的各地反抗軍,定在同一日全省同步舉行儀式,然後一舉撲殺。明治 35年(1902)5月果然按照計劃,在斗六、林圮埔、土庫、西螺、他里霧等地舉行招降儀式。使得許多抗日主力,終在日本陰謀下被誘殺身亡(七十  182頁)。
反抗軍遭此一擊,終至無力反抗,臺灣抗日勢力漸次式微。最後,連在鳳山一帶的林少貓,也在五月底被殺,8月23日日本終於平定了臺灣。根據日本人統計,總計臺灣人因叛反被殺有 32,000多人,其中死在兒玉總督手中的就有 22,000人(七七93頁)。
而臺灣總督府為達長期鎮壓果效,明治 37年(1904)更頒佈授權警察、憲兵可隨時捉人,任意處置的「犯罪即決令」(二二78頁)。
臺灣能早日平定,也許是日本的幸運。使得明治 37年(1904)爆發的日俄戰爭,因此未受臺灣動亂的影響。