就在佐久間總督因年老退休,長野縣信州人的安東貞美,在大正 4年(1915)接任為第6任臺灣總督。這位在明治 31年(1898)曾來台擔任守備,後來又調任朝鮮軍司令,直到佐久間退休來台接任的總督。可惜他就任總督不久,就發生震驚日本的西來庵事件。事實上,就在西來庵事件的前1年,大正 3年(1914)恰巧有日本民主鬥士板垣退助來台並組織臺灣「同化會」,開始現代化且有組織的政治運動。而同化會成立的目的,就是主張臺灣人應同化於日本,享有與日本人平等的權利。
這個運動雖說符合當時日本政策,但卻被認為會損及在台日人的利益。因此總督府不僅下令解散同化會,而且依「治安維持法」,把在日本擁有極高聲譽的板垣退助趕出臺灣(八八128頁)。板垣退助的離台,表面上看似「臺灣同化會」的失敗,然而卻反掀起臺灣「臺灣同化會」的熱潮。為維護在台日本人利益的總督府,雖命令臺灣同化會解散。但礙於板垣退助的國內聲望,怕引起日本國內有心人質疑。因此為證明臺灣猶是個叛亂地區,不適於同化。恰巧,臺灣這時發生了轟動日本,且被有意擴大的「西來庵事件」。
大正 4年(1915)8月,台南市道觀西來庵董事余清芳,以聖神仙佛名義,結合「食菜人」羅俊、江定等人,成立「大明慈悲國」宣告獨立,並煽動信徒籌措軍餉,準備謀反。不料事蹟敗露,倉促起事攻擊甲仙埔及焦吧哖(玉井)等地派出所,殺死吉田警部補以下18人,即所謂的「西來庵事件」。這件抗日不到20日,即因余清芳被捕而落幕的事件。雖仍有少數人,由江定帶領潛入山林繼續抗日。從其規模並非很大的抗日事件,卻被總督府有意擴大極盡渲染,並以板垣不了解臺灣為由,以此證實臺灣猶是動亂之地。臺灣總督府更以「臺灣民心現在尚且反叛不定,輕言同化,豈非癡人說夢。」來駁斥板垣的主張。
為使案情擴大殺雞儆猴,臺灣總督濫殺無辜,使該事件被告1957人中,死刑者竟達866人,判刑453人。由於臺灣總督府對該事件處置過當,引起國會注意,日本內閣在該年10月底不僅將行政長官內田嘉吉免職,由下村宏繼任。而安東貞美也適時利用就任機會頒佈大赦,將死刑皆減輕為懲役。其餘各減刑一等,方才使此鬧劇落幕。但當頒佈減刑令時,已有95人執行死刑成為冤獄(二一53頁)。
事實上,臺灣人抗日自從經過兒玉總督時的鎮壓後,十幾年來因實施「保甲制度」以及人心厭戰,偶而也會有些小規模抗日。像明治40年(1907)蔡清琳案,大正元年(1912)劉乾、林啟順襲擊頂林派出所案。以及明治36年(1903)由中國潛渡來台,準備造反的羅福星案,都很快被平定。原以為從此可進入長治久安的臺灣,卻不料仍發生此件涉及數千人造反的「西來庵事件」,引起日本的震憾。雖然這事件很快被平定,但也引起臺灣總督府的紛爭,內田嘉吉因與安東貞美意見不合終而去職。行政長官餘缺則由和歌山出身的下村宏擔任。而臺灣人也從「西來庵事件」中,意識到企圖以武力趕走日本已不可行,從此改變與日本鬥爭的方式,遂從武鬥走入「爭取同化」的文鬥。