荷蘭時期移民在臺者不多,統計1640年的人頭稅,得知有移民3,560人。
事實上,當時短期來臺貿易的人士增多,且移民多採春耕秋回的方式耕作,荷蘭人皆以較高的關稅抽稅。
而在這一年,菲律賓因華人抗議西班牙重稅起而反抗,遭屠殺者有 2萬多人,有一小部份逃來臺灣。
1648年中國發生戰爭,不只中台貿易減少,而移民逃來台者更多。當年9月15日荷蘭商館日誌記載:「據大員的長官和評議會的信函,自中國輸入的貨品極少,逃出的中國移民甚多,已超過了7千人,故糧食尤其米糧頗感缺乏。」(二五九423頁)而陳紹馨著《臺灣通志稿》,其中人民志也談到荷據時期臺灣人口,說:「1648年,因大陸戰亂連綿,饑饉游臻,臺灣漢人驟增為2萬人,皆從事農業;但因多人驟然入臺,極難安插;故再回大陸,亦屬自然。」據說,饑荒一結束,就有8千多人回歸中國(二五九423頁)。
臺灣從1644年起,開始限制移民來臺,在南、北及東部會議,不只要求各部落驅逐移民。
1645年更禁止移民前往北部地區。
1646年,荷蘭商館日誌中記載:「中國人來到臺灣愈多,我們將很難保持該島為自已的領土。」(二五九415頁)
荷蘭人開始對移民設防,便在赤崁南方,以集中營管理方式,設殖民區從事開墾。因荷蘭人不歡迎移民前來,加上糧米不足,所以許多移民只好被迫返回中國。而遺留在臺的這些移民,不幸又在 1652年遇到反抗荷蘭的郭懷一事件。由於荷蘭以少數人治理臺灣,引起當地移民垂涎,於是發生了郭懷一起義事件。
郭懷一(Gouqua Fayet),原為居住荷蘭阿姆斯特丹波迪(Perdel)華人,受荷蘭開墾殖民地邀請,來台在赤崁南方,二層溪南岸招移民開墾,積資成富,移民都擁護他稱之為頭人。他因覬覦荷蘭守兵少,當時居住赤崁一帶的華人有4、5千人,若能起而代之,應為可行。
遂於9月初邀其黨羽,計劃於9月17日中秋夜,邀請臺灣長官富爾保(Nicholas Verburgh)及達官顯商賞月,利用酒足飯飽之際,再佯裝送彼等回熱蘭遮城,乘機入城起義,從而奪取該城,成為臺灣統治者。不料,這計劃因其弟郭保宇(Pouw)密告為荷人知曉,9月7日中午派人調查,發現移民皆已備妥竹槍、農具、步槍等武器,準備起義。荷蘭人獲得該情報後,立即驅使婦女、小孩避難城內。
而郭懷一也被迫於該晚起義。這次起義雖也攻陷普羅民遮。可惜,後來荷蘭隊長丹克(N.Danker)從熱蘭遮城,率領120名步槍兵來援。並徵調附近 4社平埔族 2千多人。加上郭懷一不知用兵又不聽部將忠告,於荷蘭涉海來援時,殲滅彼等於海上。及至陸地,又不敵其強大火力,終而失敗。此次起義引來荷人很大殘害,不僅郭懷一的部下被消滅,由於荷蘭人從俘擄口中,得知有鄭成功內應,許多移民也被波及,誅殺人數多達 3、4千人(十一第3册121頁)。王必昌在《重修臺灣縣志》形容這次的屠殺,說:「漢人在臺者,遭屠殆盡。」
臺灣移民人口
在臺以農為業的移民,不幸又在1653年遭遇瘟疫。1654年5月到8月又遇蝗害,據傳餓死者8千多人(二五九460頁)。可以說在荷蘭統治晚期,自外而來臺灣的移民仍是不多。1660年曾隨荷蘭艦隊來臺協助臺灣守兵,防守鄭成功攻臺時的部將赫伯特(Alberecht Herpot)所著作的《臺灣旅行記》曾記載臺灣當時的情況說:
「臺灣島自南到北約200哩(每里576公尺),自東至西約50哩。島上有許多不知名的高山,山中居民也不知名。該島土地肥沃,其周圍平原中除土人外也有幾千中國人居住。中國人因常與滿清人戰爭為滿清人所逐,來臺灣避難,不得不向荷蘭人的東印度公司納稅,他們很勤勞,長於耕種。」(二五九477頁)這是從東印度公司繳納的「人頭稅」,就可查知移民人數的原因。
臺灣最後一任長官揆一(Presentibus Cm-nibus別號 Coyett),在所著《被遺誤之臺灣》則稱:「有許多中國人因戰爭而移住臺灣,在臺灣設立了一個殖民區,除婦孺外人數有2萬5千人之多。」
專設殖民區,是1645年禁止華人到各部落而有的政策,至於報導的移民人數,有人批評係揆一為失臺卸責,所以浮報臺灣移民人數。鄭成功吏官阮旻錫,著《海上見聞錄》亦記載攻臺前的臺灣:「正月,賜姓(鄭成功)議取臺灣,其地在東南海中,延亘數千里,土番雜處。天啟年間,歐羅巴(歐州)紅夷佔居之,於港口築城,與中國、日本、廣南貿易。海邊平民流寓者,種蔗煮糖為業,殆數千戶。時紅夷亦恐海上動兵,故於庚子(1660)春,復遣通事舍人何斌及其酋長再來議貢。」
康熙24年(1685)出版的《東吟社序》為自稱為壬寅,永曆16年(1661)被颱風飃來臺灣的明朝遺臣,太僕少卿沈光文所著,他形容來臺漢人不及千戶。這些資料都是身臨其境的第一手資料。由這些資料可知,當時臺灣移民的人數不多。