當時,淡水八里坌一帶,原住民西那社(Senar),亦以兇狠剽悍著稱,1628年由於西班牙士兵八人在此遇害,於是西班牙起兵攻佔淡水時,西那社人悉數逃入關渡和北投山中,採游擊戰,不願就撫,而愛神父又在此冒險的情況下,不採基隆西班牙守將的勸阻,毅然深入山區,撫慰西那社人,其愛心深得西那社人的敬佩,在其勸說下,悉數出山,遷回原社居住。並建教堂「玫瑰聖母城」,聽說建堂完成之日,除由淡水西班牙指揮古士曼(Luis Ole Guzman),贈送軍中供奉的聖像至教堂外,當日正巧豪雨,他們背著十字架,跪爬入教堂安放,而西那社人在豪雨中分跪在教堂兩旁,由此可見其信教之虔,愛神父教化之深切。由於受此影響,整個關渡附近的原住民,悉數得以教化。
為了在淡水傳教,愛神父努力學習當地語言編著《淡水語辭彙》,並以淡水語編譯「教理書」。他除在北投宣教外,大龍峒一帶居民也遣人來要求施教,因是西人之淡水河交通,因而暢行無阻。1632年愛神父又創設馬尼拉慈善友會於基隆,做為救濟當地貧困異教徒用。同時期冀在當地培養傳教士,並負起中國和日本的傳教責任,又設立學校,名叫「學林」,以教育在基隆附近的漢人和日人移民為目標,課程內容有教理、拉丁語、藝術及神學等課。愛神父在臺灣傳教的偉大作為,卻始終擋不住他欲往日本傳教的熱忱。終於在1633年,忽然徵得一條回航日船的同意,在來不及告別下即匆匆潛往日本。
但因日本幕府迫害天主教徒甚大,怕被牽連致罪的日船只得在海上殺害愛神父並為滅跡,將之斬成肉醬拋棄海上。
一代偉大傳教士,就如此息掉世上勞苦,歸入主懷。