鄭成功治臺很短,無法看出什麼成果。倒是「屯兵」制不久後顯出效果。蓋自鄭成功東征來臺,留守金廈諸將皆抗命,不發一船來援致使糧絕。鄭成功為此奔波,甚至達「官兵至食木子充飢,日憂脫巾(脫袍投降)之變。」的境地。除派人於鹿耳門等候糧船外,若有官私船東來者盡行買糴(糧)給官兵。並於4社秋收時持金10錠去買禾粟,但也只可給食10日。而「屯兵」初時,疾疫大作,加上水土不合,死者更多。《臺灣外記》也記:「時臺地初闢,水土不服,病者即死。故自各島搬眷,俱遷延不前。」
臺灣初闢的困難,在缺糧下又要招撫番社,又要包圍熱蘭遮城,其困難可想而知。而臺灣的危險,也使金廈各島將士,不肯搬眷來臺。即使為了爭奪權力,一度來臺的鄭經,等權力到手,也以剿除鄭泰為名,回駐廈門。直到永曆18年(1664),金廈為清所陷,加上降將黃梧獻平海5策,沿海既遷界,無法掠取糧餉。鄭經只好率眾來臺,而當時臺灣的開墾,已有成效,足可提供來臺將士之用。來臺後的鄭經,為加緊儲糧,因此,採用諮議參軍陳永華的建議,開始經略臺灣。陳永華,字复甫,福建同安人。永曆初,投靠鄭成功,因有幹才,為鄭成功賞識,授參軍職。永曆15年(1661)晉升為諮議參軍,協助鄭成功攻臺。鄭成功死後,輔佐鄭經開始經營臺灣。
明永曆18年(1664),來臺後的鄭經,在陳永華輔佐下,除繼續實施寓兵於農的「屯兵」政策外。
重新規劃行政區域,改東都為東寧(台南市)。
並改東興及萬年兩縣,為東興(台南縣北)及萬年(台南縣南)兩州,分諸將土地。
課耕種、徵租賦、稅丁庸。並於南北兩路分設安撫司,鼓勵各鎮墾殖。澎湖因地位重要,除設安撫司外,另置部隊防守。對於東寧府的建設,也能在荷蘭人既有的建設上,添加建設。使其更壯觀宏偉,他在柴頭港(臺南市大甲里)建窰,教人製磚瓦。並派人往內山伐木取材,以建造街道房屋,及衙門房舍。
並以荷蘭人留下的十字街,為經緯,劃分四坊,名東安、西定、寧南和鎮北。各坊置有簽長(區長)。4坊總計24里,實施明代保甲制,里設里正。其里,再編以10戶為牌,設牌首。10牌為甲,設甲首。10甲為保,設保長。上下層次分明,管理容易。而對於原有平埔族散居其內的東寧府,以及平埔族人數較多的新善、開恩等里,則仍為社,社設鄉長,由社中頭目擔任,以理番務。
陳永華經略臺灣
明永曆19年(1665)開始以明朝體制蓋孔廟,建學校。起初,鄭經以臺灣地狹人疏為由擬暫緩,但陳永華勸之:「成湯以百里而王,文王以七十里而興,豈關地方廣闊?實在國君好賢,能求人材以相耳。今臺灣沃野千里,遠濱海外,且其俗醇,使國君能舉賢以助理,則十年生長、十年教養,十年成聚,三十年可與中原相甲乙,何愁其狹促稀少哉?今既足食,則當教之,使逸居無教,何異禽獸?須擇地建立聖廟,設學校,以收人才,遮國有賢士,邦本自固,而世運日昌。」
鄭經納其言,永曆20年(1666)終在承天府內,建造全臺第1座孔廟。其旁置有明倫堂。陳永華對學校設置,亦沿明朝科舉制度,設有學院、府學、州學、社學等四種。「三年兩試,照科歲例開試儒童,州試有名送府,府試有名送院,院試取中,准充入大學,仍按月月課,三年取中試者,補六官都事,摺用升轉。」
至於偏遠的社學,則沿襲荷蘭時期由識字的平埔族教學,稱「教冊番」,享有歲納1石之優待。明鄭時期對臺灣教育貢獻十分有限,僅限東寧府附近,不似荷蘭和西班牙,教化至非常偏遠地區,且有不畏死傳教士為前導,在各處設立學校。但因陳永華主張在東寧府,設置象徵中國封建儒教的孔廟,因而成為臺灣教化典範為後人歌頌。
臺灣在陳永華帶領下,除獎勵開墾,振興糖業等寓兵於農政策,也從事外貿,爭取外匯。然而這些事業所得,不足應付抗清的龐大軍需。尤其永曆28年(1674)鄭經趁三藩之亂西征。以陳永華為勇衛兼留守東寧總制使,治理臺灣一切事宜。三藩亂初始,臺灣尚能供給糧餉,但到該年底,因招募兵員過多且鄭經在廈門設六官,在財源不足下開始對攻佔各府、州、縣徵錢糧,也徵丁口稅稱為「毛丁」。規定百姓年16歲以上,60歲以下者,每人每月納銀5分。
此外又徵船、鹽等稅以給兵食,但不長久,因鄭經一再背信耿精忠,促使耿精忠降清反攻鄭經,戰況急轉直下對鄭經十分不利,而臺灣蕞爾小島如何能長期供應,終因糧餉不繼致使兵潰,鄭經不得不於永曆34年(1680)撤退回臺。而臺灣也因重稅,加上天災連連,米價騰貴,民不聊生,人心思變,種下明鄭敗亡的主因。