由於臺灣處於政治轉型的關口,在原有體制為內閣體制下,對於民主的推動,行政院長也成為重要關鍵。
因無法與李煥共事,且經歷「二月政爭」,當選總統後的李登輝,決定更換行政院長。
但在獨裁遺留的體制下,能否順利更換行政院長,仍有諸多困難。
於是考慮由郝伯村接任。為使臺灣能走上民主道路,李登輝,還需打破過去軍隊為派系攏斷的現象,使軍隊國家化。
雖然郝伯村已破例做過八年的參謀總長,在總長任內,他不只長期控制軍隊,擁有龐大權力與財源,且控制國軍升遷的管道。
但 77年(1988)初上任的李登輝為穩定軍心,不顧輿論批評,仍留任郝伯村一年。
直到 78年(1989)12月在蔣宋美齡以國家安全為由,期期以為不可調動下,李登輝仍讓郝伯村轉任至表面高昇,卻不直接掌控軍隊的國防部長。至於留出的參謀總長空缺,李登輝亦不顧郝伯村意見,以「再優秀的人都不可破壞制度,倘若整個軍方只籠罩在郝伯村一人的戰略思維下,未有更寬廣的治軍視野,這才是對國家安全的戕害。」他按三軍輪調方式,由陳燊齡接任。(一三四 70頁)
由於郝伯村的軍事強人背景,引起很多人疑慮。
但李登輝以為:
「郝伯村若擔任閣揆,李煥不得不退,難有再杯葛的餘地,昔日的同盟也將因此瓦解。
接掌了行政權,郝伯村勢必辦理退役,交出軍權,有利於軍中脫離人治而建立制度。
同時,民間也會在軍人干政陰影下引爆爭議,或可讓郝伯村走出封閉的權力圈,直接接受民意洗禮,未嘗不是壞事。
而一旦郝伯村成為行政院長,接下來就是立法院的問題,不再只是李登輝一個人的問題,情況應該不會更槽。
至少郝伯村仍是個願意做事的人,將來如果做得好,對於推動國政也有幫助。」(一三四 93頁)
為了消弭反彈,李登輝自已形容與郝伯村「肝膽相照」,並推舉郝伯村將是強勢「治安內閣」等語。
雖然如此,當李登輝向國民黨中常會提出後,第二天許多黨外報紙頭版皆以全黑刊出,以示抗議。
同時街頭出現反對軍人干政的大遊行。民進黨立院黨團,並向李登輝提出堅決反對軍人組閣。
要求李登輝立即另提適當閣揆人選,如不撤換人選,將動員所有力量全面杯葛立法院人事案、預算案及法律案等三項要求。
民進黨並結合反對軍人組閣之學生、社運團體等數千人遊街抗議。
5月 20日,總統就職典禮,更舉行超過二萬人以上的大遊行。
5月 29日,民進黨利用郝伯村組閣須經立法院同意的機會,發起「全民反對軍人干政聯盟」,號召群眾包圍立法院,阻止不具民意基礎的資深立委,僑選立委進入立法院行使同意權,因而發生嚴重警民衝突的流血事件。
79年(1990)對臺灣而言,可說是亂象紛陳的時期。解嚴後的臺灣,不只產生國家認同問題,總統大選的內鬥,族群與統獨意識的矛盾。且因財務管制不當,以致資金氾濫,投機風氣盛行。不只在極短時間內,造成股票和房地產狂飆,在財富重分配下,人人羨慕不勞而獲。以至於投機盛行,臺灣全島,幾乎淪陷在賭博中。在此情況下,不僅勞動意願低落。
同時,由於解嚴後的社會運動,衍生許多勞工問題、環保問題、以及政治抗爭,在政府無法有效控制下,使得對臺灣投資成為許多人的憂慮。由此延伸的社會問題,以及治安敗壞,許多中共黑槍及可疑人士不斷湧進臺灣,在在都成為當局急欲改善的地方。
這也是李登輝想借重郝伯村威權,重整治安的緣故。
79年(1990) 6月 1日,郝伯村就任行政院長。而國防部長則改為文人,由郝伯村指定,讓也是參與二月政爭的陳履安擔任。
雖然陳履安原非李登輝規劃人選,但他的就任,改變成文人的國防部長,則是事實,對國家未嘗不是件好事。對推舉國防部長,李登輝雖讓步,但對郝伯村所留參謀總長餘缺,李登輝則堅持已見,拒絕郝伯村推舉海軍總司令葉昌桐擔任,反而由對戰略有研究,與郝伯村不睦的劉和謙擔任。因推舉軍事要人,涉及軍權掌控,李登輝不願對號入座,與郝伯村間開始產生衝突。
故李登輝兩次欲拔擢,對國軍建軍有見解的參軍長蔣仲苓為一級上將,卻為郝伯村以拒絕副署,甚至要脅辭職。對於總統若非經由直接民選,對施行的雙首長制,總統施政須經行政院長副署一事,李登輝感受良深,成為日後堅決推動直接民選的主因。80年(1991)2月,李登輝在「國統會」及「國家政策研究中心」等多位委員建議下,為強化總統制,決定不採國民黨長期規劃的「委任直選」案,而以「直接民選」替代,此為原因之一。
81年(1992)3月對於總統直接民選,國民黨原規劃為委任直選,但經過李登輝與全省各縣市黨部主委連繫後,發現幾乎多數主委都反應直接民選較符合民意,為此李登輝立刻停止「委任直選」的討論,更換以「直接民選」。但基於黨內既得利益與大中國包袱,這種改變立刻引來國民黨內,包括邱創煥、李煥等的反擊,他們藉口擔心直接民選,將失去中國代表性形同「臺獨」。
面對排山倒海的責難,最後在李登輝勸說下,終於在國民黨三中全會上,達成「總統選舉方式,由總統於民國 85年 5月 20日任滿以前,召集國民大會代表召開臨時會,以憲法增修條文明訂之」的折衷方式,將此問題延至 83年(1994)召開第三屆國民大會時討論,以拉長戰線消弭因此產生的黨內衝突。