3-3 全面驗票

對於連宋陣營宣稱選舉作假，要求重新驗票一事，事實上有二個途徑，一條是由立法院召集臨時會，修改「選罷法」，增列「若得票差距小於百分之一可採行政驗票」。但此修法，連宋以「緩不濟急」，無法達到四十八小時內重新驗票目的為由拒絕。另一方面，行政院法規會主委陳美伶表示，須經法院訴訟，但其條件，則必須連宋和中選會都承認有計票問題，並提出證據，法院才能就有證據的部份查驗。

至於連宋所稱「重新選舉」，除非當事人死亡，否則就是「選務機關」違法或作票，嚴重到足以「影響選舉結果」才可行。沒有法源依據，加上中選會也無違法，連宋對「作票說」又毫無證據，所以高院就在 3月 25日，對連宋提出「選舉無效」及「當選無效」的訴訟，予以駁回。但卻這項循法的駁回，卻被有心解讀成「未依法律獨立審判」的「政治駁回」，使法院不得不出面否認。

就在連宋陣營對驗票要求，從行政驗票、立即驗票、最後又要司法行政驗票。一變再變之際，也不顧陳水扁在 27日晚上的承諾，仍在 29日晚上，提出「當選無效」之訴。而 30日陳水扁和呂秀蓮也共同簽下「不必舉證」，就可「全面驗票」的同意書。高等法院有了雙方同意「全面驗票」依據，馬上在 4月 2日召開程序庭。民進黨律師有陳傳岳、顧立雄、林永頌、洪貴參、莊勝榮、羅秉成等，而藍軍則有蔡玉玲、林玫卿、李宜光、俞大衛和姜志俊等人參加。雖然庭上，藍軍主張只想驗扁呂得票，但遭反對，扁呂以「要驗就全驗」，開始全台驗票作業。

雖然雙方同意全面驗票，但法院仍須準備人力。這些人力，除了選務人員，司法行政人員外，雙方的律師也須在場，為此藍綠雙方，都須各自動員數百位律師，所以預估到 5月才能開始驗票。雖然如此，在等待的過程中，連宋仍是動作不斷， 4月 5日又以「公投綁大選違法」、「選務機關於本次大選未能超然獨立、公正行使職權」、「選務機關於辦理大選過程違法」等理由，委請律師李復甸、黃國鐘、向高院提出「選舉無效」之訴。然而到了 7日，又以「避免『選舉無效』案，驗票規模與方法會干擾『當選無效』」為由，撒回「選舉無效」訴訟。可是到了晚上，就又重新提出「選舉無效」之訴。
12日再遞狀提出「當選無效」之訴。（四236頁）

全面驗票，由於需動員大量的人力、物力，雖在藍綠雙方努力下，還是延到 7月方才舉行。
此次的驗票，合議庭吳景源、鄭純惠、滕允潔三位法官，每天必輪流駐守法院，隨時回答各地遭遇無法解決問題，核對全國 1萬 3749個投開票所勘驗筆錄。雙方律師團，為了總計四萬多張爭議票，據理力爭，吵吵鬧鬧中，在全國注目下，驗票的結果，終於在 11月 4日對外公佈。經過全面驗票後，陳呂、連宋得票差距雖有變化，但陳呂仍贏二萬五千五百多票。
至於連宋另外所提訴訟，「三一九槍擊案件」、「啟動國安機制」、「公投綁大選」等訴訟爭議，因與訴訟構成要件不符，且不會影響選舉結果，故判決連宋敗訴。

連宋敗訴，對國親支持者打擊當然很大，但因為此次驗票都是透過電視，在國人面前活生生查驗，無法再行狡辯。
但國親律師仍然發出「司法的退縮將更助長權力的濫用」聲明。
而當事者連戰，對外發表：「今天是國家民主政治最黑暗的一天，這是對所有司法有信心的人的最嚴重打擊，雖然結果讓人失望，但更要化悲憤為力量，在年底立委選舉展示力量，讓全國人民作陪審。」宋楚瑜也說：「沒真相、永對立！」（四237頁）

雖然當時他們也發出動員令，準備再到總統府前抗爭，但因立法委員選舉時刻已快到，大家都回去拼選舉，只有少數人到場，使抗爭活動最後不了了之。爾後，國親雖仍有訴訟，但已引不起國人注意，大家已將眼光轉移到選舉。