6-3 台北市特首

無獨有偶，87年（1998）年底又逢台北市長選舉，民進黨以為政績卓越，得到極高評價的陳水扁，必會繼續當選，在超人氣陳水扁壓力下，許多國民黨員因此畏戰，惟恐選敗失掉政治前程。國民黨在競選對手難產下，不得不徵召馬英九，但都遭拒絕，最後不得不「趕鴨子上架」，準備提名胡志強時，對外講過兩百多次不參選的馬英九，卻在黨內初選最後一日，由他父親馬鶴凌出面，代為黨內登記，他也「情隨事遷」對外發表：「像我們這種燒成灰，都是國民黨的人」表示忠貞。

結果他成為國民黨台北市長候選人，在許多人不看好下，出人意料，結果在該年底，包括北高市長、議員以及立法委員，所謂「三合一」選舉中，在王建煊退讓下，「棄王保馬」，意外的以七十一萬多票，得票率百分之五一，勝出陳水扁三萬多票，當選台北市長。 91年（2002） 12月更以七十八萬票懸殊比例，勝出民進黨李應元的四十二萬票。
該次選舉有人形容他，就是「躺著也會當選」，可見當時其魅力。
雖然馬英九在台北市擁有聲望，但對整個臺灣而言彷彿外星人，因做為台北市長卻故意抵制國家政策，不但極少出席行政院會。
直到 95年（2006）僅出席四次，出席率不到十%。

84年（1995） 3月 1日全台實施全民健保法，所需經費達成中央及地方共同分擔共識。
台北市長陳水扁任內，就願意配合行政院長連戰，負擔此經費，可是等到馬英九當市長，起先猶願負擔，可是當政權移轉，陳水扁當選總統後，馬英九就改變主意拒繳健保費。直到 91年（2002） 4月，欠繳健保費達九十多億元，在各縣市紛紛表達願意設法分期繳款下，唯獨馬英九以「中央請客，地方買單」為由拒繳到底，並以「還不還錢，我有誠意！」
或以「怎樣還，何時還，再看看！」等手段耍賴，最後甚至要求釋憲。（三八○）

10月初就在大法官釋憲的同時，為避免影響台北市長選舉馬英九形象，由李慶安出面，主動爆料，控訴當時衛生署代理署長涂醒哲，涉及性醜聞的「舔耳案」，掩飾當時大法官以「全民健保屬於中央及地方共同辦理的項目，中央要求地方分擔補助費一事並不違憲」為由，判決台北市敗訴。（三八○）才使馬英九俯首稱臣願意繳費。

事實上，馬英九這種「身在曹營，心在漢」的思想，可從他在任時，發生許多國旗事件得知。
90年（2001） 12月台北市舉辦亞洲女足賽，馬英九不管體委會事先曾以「觀眾自發性擕帶國旗進場，尚非『奧會模式』規範範圍」，據此解釋對可能出現群眾攜帶國旗入場，為國家選手加油情景，「若未干擾比賽進行，主辦單位都不能干預」，避免發生衝突事件。（三八一）

但馬英九不但不理會中央體委會命令，反以「奧會模式」不准懸掛國旗為由，不只會場不掛國旗，且又派出警察，沒收在比賽中為選手加油的「國旗」，甚至不惜折斷國旗的「國旗」事件。事後馬英九解釋說：「台北市只負責場地與秩序的維護，其他相關比賽規則、比賽規範是由主辦協會中華足協負責，依奧會模式辦理，一切依國際慣例辦理。」把所有責任推得一乾二淨。（三八一）

為表示他愛國旗，不久，馬英九就出面號召市民踴躍來參加元旦的升旗典禮。
等群眾把國旗事件忘了一個程度， 94年（2005）12月台北市在松山菸廠，舉辦「2005年『現代』國際金卡那賽車大賽」，由於「金卡那（Gymkhana）」賽車從來不是奧運比賽項目，且又冠上「現代」，是指定使用韓國製的「現代汽車」，可說是另類商業行為。主辦單位中華賽車會，卻仍引用「奧會模式」只准掛五星旗，不掛國旗。

這種一昧媚中，喪國辱權行徑，曾一度使參加比賽的臺灣國手劉吉凱想抗議退出比賽。曾到各地比賽都掛國旗的他，感嘆的說：「連在自己的國家都看不到自己的國旗，真的很悲哀。」（三八二）無獨有偶 95年（2006） 8月，台北市在小巨蛋主辦亞洲花式滑冰錦標賽，卻又發生被主辦單位扣留欲擕帶入場的「國旗事件」。對於在台舉辦的運動會，現場只見五星旗不見國旗，這事件行政院長謝長廷也只能遺憾的說：「雖有奧會模式，但在臺灣辦的國際賽，不應禁止國人自發性揮舞國旗，否則很傷國人的心。」（三八三）

對於原本被統派視為「愛國」象徵的國旗， 92年（2003）年 9月 7日為抗議執政的民進黨在護照加注「Taiwan」字樣，「中國統一聯盟」、「夏潮聯合會」等九個團體，在凱達格蘭大道，舉行萬人「反台獨、救臺灣」遊行時，中國統一聯盟竟然禁止民眾拿國旗。 94年（2005）年 6月台中修平技術學院畢業典禮，為迎合中國來的學術團體，竟當著千餘位學生面前，把代表國旗和國父遺像全數拆下，讓中國人入場。

在全世界矮化臺灣之際，其實許多臺灣人也不想自重。
而行政院和教育部也不制止，給予嚴厲處罰，這就是臺灣現況，其實他們都不想要這面國旗，因這面「國旗」，只是臺灣人高喊獨立時，才會被統派人士拿出來，用作壓制臺灣人的工具而已。而所有的國際比賽不掛國旗，偏偏都發生在台北市，民進黨執政的高雄市則例外，因此有人以此諷刺馬英九說：「他想當特首想瘋了。」（三八四）