4-1 國務機要費等案

這七案經過特偵組，與法院七年巨細靡的調查及偵詢，主要過程是這樣，2006年李慧芬向國民黨立委邱毅爆料，發票遭堂姐李慧君拿去國務機要費核銷，該年 10月陳瑞仁、周士榆檢察官偵結，指陳水扁夫婦涉嫌偽造文書及貪瀆，起訴吳淑珍、馬永成、林德訓、陳鎮慧等四人，依照憲法總統任內不受刑事訴究，待卸任後再辦。
2008年馬英九上任總統，特偵組即將扁列被告，發佈陳水扁、吳淑珍境管被限制出境。
7月24日扁至特偵組偵訊。 8月 6日馬英九註銷國務機要費發票機密，讓扁案重啟審理。

2008年8月13日陳水扁遭《壹週判》爆料，陳水扁藉由媳婦黃睿靚將鉅款匯到美國，陳水扁透過律師出面否認，隔日即遭國民黨立委洪秀柱揭露，黃睿靚在瑞士有四個帳戶，遭瑞士聯邦銀行檢察署凍結，主動行文要求台灣協助調查，陳水扁只得認罪召開記者會，表示是選舉剩餘款未誠實申報，從1996年起共 4次將選舉結餘款匯往海外，直到年初才得知此事，記者會上承認：「做了法律所不許可的事」。
消息傳來震驚海外，輿論撻伐，落實國民黨指控海外洗錢罪。

接著媒體爆料，陳水扁涉入龍潭土地弊案以及二次金改弊案，獲得大量的非法政治獻金，海潚般的輿論逼得陳水扁 2008年 8月 15日宣佈退出民進黨，表示認錯並對支持者內疚。隔日特偵組立刻對陳水扁親友住處展開全面搜索。

接著 9月 2日前調查局長葉盛茂也召開記者會，承認 2008年 1月 29日曾接獲艾格蒙聯盟通報黃睿靚在瑞士日內瓦美林銀行，以個人與公司名義，開設 4 個帳戶情資，葉盛茂曾將該報面告陳水扁總統，他也承認 2006年就知悉吳淑珍在澤西群島開設信託帳戶，並在例會中向陳水扁報告過。

不久台灣發生八八風災，人民痛苦，國民黨基層黨員利用機會，對陳水扁洗錢案沒有進展不滿說：
「馬總統要是沒有惑出魄力，對貪腐政府不嚴辦的話，2012年馬總統也不用選舉了。」恫嚇馬英九，
9月 8日馬英九利用機會出面回應：「痛恨貪污腐敗，一定辦到底。」
11月 11日特偵組立刻配合，第 5度以被告傳喚陳水扁到案說明，以涉嫌貪污國務機要費，及前第一家庭洗錢案，犯罪嫌疑重大，有串證之虞，向法院聲押獲准。
陳水扁成了中華民國首位涉貪被聲押的卸任元首。當他高舉手銬那刻，創下「台灣第一」記錄。
12月12日特偵組以陳水扁涉嫌貪污國務機要費、龍潭購地案、南港展覽館案、先錢案等四案起訴陳水扁等人。
特偵組請求法官給予最嚴厲之制裁，這是台灣史上第一位被起訴的卸任元首。
此事獲選「2008年台灣十大新聞」之首。(四六七)

陳水扁雖遭起訴，但法院以「無罪推論」，無潛逃串證因素，12月 13日台北地院審判長周占春法官，認為羈押為不得已手段，陳水扁無逃亡串證之虞，栽定無羈押必要當庭釋放。特偵組二次提出抗告，抗告不成，台北地院違憲，以吳淑珍為兩案共同罪犯，將本案移至國務機要費以「實質影響說」，對吳淑珍下重手的蔡守訓法官審理，12月 30日蔡守訓立刻裁定覊押，編號 2815。

若非法院定讞應視為無罪，陳水扁在此期間的冤獄。若不是政治介入，豈有法院如此妄為。馬英九期待蔡守信重判陳水扁，2009年 4月 8日親上火線要求檢調三個月內交出肅貪成績。對此要求，法務部長王清峰在立法院表示，如果她辦不好就會下台。蔡守信不負馬英九重望，9月 11日判處無期徒刑。
陳水扁被羈押打破兩蔣白色恐佈，施行民主以來最惡劣記錄，無視國際觀感和司法人權，將前總統與一般罪犯同關一處，吃喝拉廁一起，24小時錄影監控，包括廁所和洗澡，身心打擊無法形容，這是凌辱而非監禁。直到 2009年 9月 11日台北地院蔡守訓以陳水扁犯罪六案判處無期徒刑，這時陳水扁已被羈押超過九個月。移審至高院後還繼續延押，直到 2010年 10月，總共七次延押。

除了身心凌辱，還取消總統禮遇，陳水扁一審被判有罪，國民黨立法院立刻針對陳水扁，在 2010年 8月通過「缷任總統副總統禮遇條例修正案」，增訂缷任正副元首犯內亂、外患、貪污罪一審被判有罪，就停止禮遇之規定。

民進黨也趁此機會，提案增加正副元首缷任後，擁有外國永久居留權或長期居住國外者停止禮遇規定，未獲通過，民進黨立委諷剌說：「國民黨知道馬英九有綠卡。」又說：「難道未來馬英九缷任後，國家要派隨扈跟著他到美國嗎？」

台北地院審理途中違憲換法官，陳水扁提出抵觸「審判獨立」及「法定法官」釋憲，結果，在「當紅炸子雞」馬英九淫威下，十五位大法官，其中十位大法官竟作出「台北地院沒有違憲」以及檢察官考慮逃亡、滅證可羈押的「合憲性限縮」等違反司法人權的違憲解釋。不只法院是國民黨開的，連大法官也是國民黨指定的，這是台灣司法的悲哀。

諷刺的是，2010年 6月 11日國務機要費等六大案高院二審宣判，主審鄧振球、受命法官彭幸鳴、潘翠雪等法官，以馬英九特別費也有不實核銷，余文只是偽造文書罪，依此判例，將陳水扁等人貪污罪改判偽造文書罪判刑 20年，併科陳水扁罰金1.7億元，吳淑珍 2億元。
此判決經特偵組抗告，發回更審。

此案說明不是全部法官都無良心，王子犯法與庶民同罪。
馬英九特別費可以無罪，陳水扁何以貪污重罪，實在沒有天理。
改判偽造文書，竟可判刑20年，比起余文實在過重，這是法院自我諷刺，討好馬英九，故意判例，
說明馬英九治理下的法院因人而判，沒有公義，為權貴與族群弄權，貪腐治權的天堂。

陳水扁貪腐案，經過特偵組和法院七年偵搜和審判，2011年8月26日高院更一審法官沈宜生援用一審法官，蔡守訓「大水庫」理論判處馬英九無罪，改判陳水扁無罪。然而2012年7月最高法院撤銷更一審無罪判決，發回更審。目前高等法院更二審審理中。

海外洗錢案，2014年 8月 6日特偵組查無不法，全案簽結。收受中信辜仲諒賄賂洗錢案，陳水扁和吳淑珍判處無罪。至於龍潭購地案，陳水扁和吳淑珍各判刑 11年，併科罰金 1億 5千萬元，三審定讞。至於龍潭購地案洗錢部份，陳水扁和吳淑珍各判 2年徒刑併科罰金 300萬元。

南港展覽館案，吳淑珍判刑 9年併科罰金 2千萬元。陳敏薰買官案三審定讞，陳水扁、吳淑珍各判刑 8年併科罰金 500萬元。
同案洗錢部份吳淑珍判刑1年 2 個月，後來減為 7個月。辜仲諒獻金案與外交零用金案，陳水扁和吳淑珍皆無罪三審定讞。
二次金改案，元大併復華案，三審定讞，陳水扁判刑 10年，併科罰金 1億元，吳淑珍 8年併科罰金 8千萬元。

總計陳水扁判刑 31年，併科罰金 2億 5千 3百萬元。吳淑珍判刑 38年 7個月，併科罰金 2億 5千 3百萬元。
目前尚在法院審理案件，尚有國務機要費高院更二審理中。國務機要費及南港展覽館洗錢案，高院更二審理中。
二次金改，國泰金併世華銀案及洗錢部份，高院更一審理中。(四六八)

不管這些案件最後判決如何，一直遭羈押的陳水扁，身體遭受重大打擊到不成人形，2015年元月陳水扁申請保外就醫，曾是中華民國總統雖然犯罪，所受待遇，不談張學良、孫立人等待遇，若與江南案被關在景美監獄，情報頭子汪希苓相比，不只有獨揀房舍、廚房服侍。
陳水扁不合理待遇，真是情何以堪，何以故，台灣人命薄也。