陳水扁為了與美國重啟雙邊貿易暨投資架構協定(TIFA),簽定自由貿易協定(FTA)、台美引渡條例、赴美免簽證、以及對台軍售等情事,應允進口美牛。即使美國在 2003年發生狂牛病,被台灣列為禁止進口國。而且美國飲食習慣與我國不同,准許含有萊克多巴胺俗稱「瘦肉精」飼養,這些都是台灣當局禁止。即便如此 2005年 3月台灣仍在美國壓力,有條件宣佈美國去骨牛肉進口。沒想到剛同意,美國又發生狂牛症,台灣只得再度禁止進口。
2006年 1月蘇貞昌院長在美國壓力,允許 30個月小牛的去骨牛肉,經商品檢驗局檢驗後進口。 8月陳水扁也企圖放寬瘦肉精規定。由於變更瘦肉精,牽動國內養豬戶利益遭到民間反彈,陳水扁最後只得放棄,馬英九當時也是站在明確反對的一邊。
2008年馬英九當選總統,對開放美牛,馬英九早期表現似乎站在民間一端。直到 2009年 10月衛生署宣佈與美國簽訂台美擴大美牛進口議定書,開放美國帶骨牛肉、牛絞肉及內臟進口,引發輿論全面反彈,才發覺馬英九原來是站在美牛進口的一端。 11月衛生署為平息眾怒除排除內臟輸入,宣佈「三管五卡」管控美牛。隔年1月修正「食品衛生管理法」,將爭議較大牛絞肉、內臟比照牛腦等高風險部位禁止進口。
2011年 1月楊志良衛生署長,成立食品藥物管理局,代替商檢局「三管五卡」檢驗進口美牛,發現原來為防範美國瘦肉精進口的檢驗機構形同虛設,不知情的食藥局卻將它列入檢查,發現已輸入的十多萬頓美牛都含有瘦肉精,檢查結果引起美國抗議,說是美台間暗中的協議,馬英九只能裝糊塗,台灣人的習慣就是這樣,等輿論罵後就會遺忘,最後不了了之。
2012年大選,馬英九綠卡再度被質疑,美國適時出手協助。馬英九一當選就宣稱瘦肉精美牛可望解禁。不料 4月 27日美國又發生狂牛症,立法院要求行政院將台灣境內美牛下架,海關封存,還未進口者暫時禁止進口。為了讓美牛下架,立法院動用二次表決,起初 42票讚成, 39票反對。可是國民黨要求重新表決,卻以 44票對 44票平手,後來在主席王金平關鍵票投下,導致禁止美牛進口案失敗。
為了保護國人健康,對於美牛進口必須法律規範。對於立法,起初馬英九表面裝中立,任憑反對者暢所欲言,國民黨郝龍斌、周錫瑋、邱毅等人紛紛表達反對,反對美牛進口成為全民共識。黃義交甚至提出「修改食品衛生管理法」,明列狂牛症疫區的內臟、脊髓、牛腦等皆應禁止進口,民進黨也推出與黃義交類似版本,朝野看來在美牛進口議題上難得取得共識。
這時馬英九開始行動,以立法抵觸「台美協議」無效,由國安會秘書長蘇起發言,態度強硬地宣佈國際協議高過國內法,接著由原住民立委孔文吉提出開放美牛進口的「馬英九版」,由林益世押著黨籍立委簽署。 2012年 6月 5日為了美牛進口案,國民兩黨甲級動員,在國民健康意識下,即使許多國民黨立委反對,但馬一聲令下又讚成,站不住立場,唯有採取逃避或缺席,企圖躲開投票作為,但在立法院藍大於綠,即使人民反對,在黨的監督下依然過關。
這時馬英九開始說話:「美牛進口不但會標示清楚,民眾若有疑慮,也可以選擇『不買、不吃』,但不開放美牛進口,那人家要怎麼相信你要貿易自由化呢?人家不會相信的!而且我們已經跟 WTO正式通告要開放,硬不開放,台灣以後還會有什麼前途呢?」
狂牛役區的美牛都可過關,賸下的只是瘦肉精立法問題,衛生署長楊志良指出,扁政府 2007年曾對美國承諾瘦肉精檢驗「驗豬不驗牛」,並出示沒有簽章的扁政府公文,但遭民進黨發言人林俊憲反駁,說扁政府時期,僅對狂牛役區的美牛禁止。至於瘦肉精管制始終立場一致,從未說要開放進口。
為了感謝美國在台灣大選中,為馬英九綠卡解圍, 2月宣佈美牛進口,5月正式連任後,就正式允許含瘦肉精的美牛進口,當然又引起民間極大反彈,陳沖再度提出「三管五卡」,但已不足取信於民。 2012年6月16日藍綠陣營對瘦肉精僵持不下,馬英九出面指責,說:「痛心民進黨癱瘓立法機構」。
美牛含瘦肉精進口問題,直到2012年7月6日聯合國食品法典委員會,通過萊克多巴胺殘留標準,由於國際標準出爐,民進黨態度軟化,加上立法院國民黨甲級動員,7月25日美牛案終於闖關成功,且修法讓美牛的安全容許值在10ppd以內,馬英九對立法院決議表示欣尉。至於最讓國人感到憂慮,牛會放行,當然國人飲食最大宗的豬肉也會跟上,對此「牛豬分離」,馬政府則宣稱,已以附帶協議方式實質入法,不明文寫入條文原因,擔心台灣遭到WHO的貿易報復。
馬英九為何讓美牛進口,有人認為綠卡效應,也有人認為是馬英九急統表演,連任後為了進一步與中國簽署貿易協議,則須先與美國簽訂貿易暨投資架構協定(TIFA)。而TIFA從1994年開始,歷經李登輝和陳水扁總統二任都不急著簽署。倒是後來亞洲各國,試圖整合東亞成立自由貿易區,簽署自由貿易協定(FTA)。
隨後中國以新興勢力要求加入,所謂東協加一(中國)、加三(中日韓)、加六(中日韓澳紐印等六國),東亞區域整合成功,必然形成以中國為核心,將各國利益鎖進中國市場,使中國雄霸東亞,這是美國不樂見的事。所以當日本與中國簽訂自由貿易協定時,便遭到美國反對,韓國希望與中國簽訂自由貿易協定前,先跟美國簽署TIFA並得到同意,是較能迎合美國的政策。
台灣若欲與中國簽署貿易協議,自不例外,必須先與美國簽署貿易暨投資架構協定(TIFA),而美牛進口偏偏成為台美簽署TIFA的障礙,妨礙了與中國兩岸協議進行的時程,必須搬移,這就是馬英九不考慮人民健康,對美牛進口態度強硬的關鍵。
台美間美牛協議告一段落,直到2015年 2月 11日原本赴美爭取美國支持台灣加入泛太平洋夥伴協定(TPP),經濟部長鄧振中卻在美國「戰略暨國際研究中心」
演講後表示,對牛骨髓、血管、頭骨肉、面頰肉、食道肌、與牛油等六項不屬內臟的牛雜碎,法律上並未禁止進口,若通過風險評估就擬准許進口。
消息傳來,再度點燃國內朝野立委反對含廋肉精的美國牛雜碎進口。
但引起國人更大抗議是,馬英九過去表示對於美牛進口以通過TIFA為條件,如今美牛已大量進口,但TIFA承諾卻一再跳票
。如今又以TPP為要脅,台灣面對的問題,恐怕不只美牛、牛內臟,甚至連美豬也會牽鎖進來,成為下一輪台美攻防的一場騙局。