由於臺灣始治時,以「照舊」兩字,沿用明鄭時的田賦和番丁稅,使得臺灣平埔族人,不得不以隱田,或以流民身份存在,免除清初的重稅,及帶來生活上的傷害。因平埔族身份敏感,無法被不同平埔族認同,故有藉漢化掩飾,並提高其出外謀生的身份。此種作為,起初臺灣人口壓力尚少時,對於外出流民的管理,清朝尚能有所作為,制定「以番制漢」政策來加以管理。及至乾隆50年(1785)時,清朝治理臺灣已過百年,對於流民及其衍生的後代,也成臺灣的多數。
加上乾隆的漢化政策,使得平埔族過剩人口,往外開拓的流民,因此都成為薙髪、漢姓的移民了。
這種結果,當然會削減臺灣各地盤據,不同平埔族的勢力。
透過流民北移,臺灣成為不同族群雜處的社會,這種社會在初期,當然會帶來番民間土地爭執問題。
清初臺灣官吏因憐憫台情,在多次奏陳減免臺灣苛稅無效下,恐平埔族作亂多採放任。
像徵番丁稅,不採內地的「保甲制」而採自由心證的「編審制」,只要徵足朝廷所定金額即可,從不過問實際情形。使得臺灣從斯時起,就無法掌握可靠的人口數及耕作面積。乾隆主政時,雖下旨減少番丁稅,規定照福建同安例徵丁稅,但臺灣已多習慣以流民或隱田報稅。乾隆 6年(1741)雖有意實施「保甲制」,但已因流民過多,不易掌握其行蹤而作罷。
而臺灣流民及偷墾的存在,我們可從乾隆 15年(1750)臺灣總兵李有用,因番通事陳蒲與武舉人李朝龍,爭墾的土地都違反禁令,而沒收了大量的水沙連(埔里)墾地。等到這些墾地,真正准許墾佃,但須「歲納租利」時,不料所有的佃人都紛紛逃離,乾隆 28年(1763)巡台御史李宜青曾刻意到彼地探訪,不料卻發現整個官庄都已人去樓空。這個事件可以反應,臺灣流民所以在「以番制漢」政策下,無法禁絕的原因。在不需繳稅的誘引下,不但番社願意隱瞞耕田,就是流民也不願繳稅。在彼此共生基礎下,直到清朝末期,臺灣始終是偷墾者的天堂。只是這些流民,配合清朝漢化政策,發展到清朝中葉,根據乾隆 47年(1782)福建巡撫雅德奏報:「臺灣府屬,實在土著、流寓民戶男婦大小共 91萬 2920名口。」(二二六 41頁)
這麼多的人口,成為每次清朝有意整頓隱田,清丈耕地,一股重大的攔阻力量,也是造成清朝後期,臺灣社會所以動盪原因。臺灣的實際情況,可以同治 12年(1873)協助臺灣道,來台襄理文書的丁紹儀,著作《東瀛識略》,書中就曾略述當時情景:
「我朝輕徭薄賦,惟期民生咸遂;而於海外偏隅,減糧定則,尤加意焉。有謂台地內山番界墾闢日廣,未盡陞科(稅科);閒(其中)有報陞,亦墾多報少,搬(一般)不及五;淡水更有業戶徵之業田者三,而納於官者一,無田而坐收餘利,與內地包戶相似:若分別勘丈、禁革,清出田糧,約可加倍。意在裕正賦、覈名實,未可謂非。」(一四六18頁)
臺灣多隱田,其數量丁紹儀也僅能猜測,大約不及5成。而實際數目,則有賴清丈才能得知。至於清丈耕地,充裕賦稅,本就是國家該為的事,但臺灣發展到清朝中葉,過多流民以及後代繁衍結果,已成為地方政府不敢小視的勢力,所以他又說:
「定例:各省丈量田畝及抑勒侵墾之事,永行禁止,違者以違制律論。乾隆中,有請丈量台田者;甫起辦,林逆亂作乃止。台民性浮易動,豪強隱佔之徒一聞清丈,不免造謠生事,希圖倖免。然竟置之不理,又似因噎廢食,不足以清姦蠹(害虫)。是在地方官因勢利導,仿元代檢核江南匿田,令民自實於官之制,責成各莊堡頭人,分清舊界;界內已陞者概不必論,界外續墾田園各自具報,均按同安下則起科,給予墾單執憑。所墾番地,亦令呈明給照,認完番租,俾土番得資事育。有耕番地而不報,或番田作荒地報墾者,勘實分別歸番入官,不許承耕。業戶則相沿已久,未易驟革,俟有涉訟者因事除之,以其餘利仿照蘭廳作為餘租。藉充公用。」(一四六18頁)
臺灣地方官為防止臺灣動亂,因勢利導,只能讓民「自實於官」,否則就會引起叛反。果然就在乾隆有意清丈耕地的前夕,乾隆51年(1786)發生了臺灣史上,最大叛反的「林爽文事件」。原本只為一樁兄弟分產失和,聚眾互歐事件,卻因官方囚人被劫,彰化衙門差人查辦,卻因衙役擒拿無辜藉機勒索,並焚毀村莊激起民憤,故釀成擴及全臺的林爽文事件。清轄全臺要地除府城及一度陷落的諸羅城外,幾為攻陷。清朝幾次調兵來臺無功,直到乾隆 52年(1787)11月大學士福康安率兵來臺,由鹿仔港登岸,才得解除諸羅城被包圍的危機。並帶兵攻克大里杙,入山搜捕,始獲林爽文。再往南轉攻枋寮,於琅嶠(屏東恒春)擒獲莊南田,始為該事件劃下句點。
為剿平林爽文事件,清朝可謂用盡各種方法,包括離間漳、泉語系感情,策反攻入鳳山的莊錫舍,率 2千義民來歸。
利用下淡水(高雄萬丹)每次民亂,一向助清的客語系「義民」,以及幾乎網羅全臺的所有知名讀書人,上至進士,下至生員,紛紛籌組義民來歸。加上為領賞格,助清捕捉躲入山中叛反者的生、熟番。這些人在事成後,都如明末降將般接受封爵或獎賞。並且為獎勵,諸羅縣在林爽文事件堅決抵抗,不投降的義行,改諸羅縣名為嘉義縣。
乾隆 53年(1788)乾隆不僅在北京,晉見平臺有功未歸化的平埔族,南北總計30社頭目。同時發現臺灣平埔族之可用,福康安因而奏請照四川屯番例設「屯防」,正式徵用平埔族兵為「屯弁(屯長)、屯丁」,以界外無礙荒埔為「屯田」,充為屯餉屯租,「餉取諸田,租給諸園,盡皆歸番經理。」(二四六53頁)
於生番交接處,則設「隘」站,以防流民又越界侵耕,或為生番所害。
同年,為宣示對北路護番決心,發給岸裏社「禁社棍民霸佔番業示」。
不久,乾隆 56年(1791)臺灣總兵奎林、臺灣道萬鐘杰,又針對當時弊端頒佈了一系列護番禁令,成為嘉慶 15年(1810)修正護番條例的基礎。