明治 29年(1896)6月,臺灣第2任總督桂太郎上將就任,這位日本長州人,後來成為主導日俄戰爭的首相,就任臺灣總督雖只 4個月但實際在台卻不到 10日,那是特別陪伴伊藤博文和西鄉從道而一起來台視察的。
就在桂太郎就任臺灣總督後不久,伊藤博文辭去首相由松方正義組閣,欲聘請曾任臺灣副總督的高島鞆之助為陸相,但遭日本權貴山縣有朋反對,改讓桂太郎任陸相,桂太郎因涉及權位之爭故提早回到日本。可以說桂太郎在台的施政完全由水野遵決定。
而這個時期卻是臺灣反抗日軍最激烈的時期。
臺灣的抗日表面理由雖很多,但重要的則是日本人來台,不但侵入平埔族的地方領域,且各地角頭也害怕權利被取代,於是臺灣的抗日,則由角頭帶領在臺灣各地分頭展開。
臺灣北部的抗日以胡嘉猷、李林成等人為首,在陳秋菊響應下開始攻擊日兵。
明治 28年(1895)日本來台,即謠傳日人來台目的僅為搶劫。
恰巧總督府又採取經濟管制制度,9月頒佈「砂金採礦規則」,對過去自由開採的砂金採許可證照制。
並要求徵收「證鑑稅」,引起台北、宜蘭間採礦者的不滿。
加上日本來台時的腐敗,引起他們的憤怒。
於是以胡嘉猷為首,率領抗日兵760人,在明治 29年(1896)元旦,開始攻擊日兵。
他們包圍台北、淡水並攻入宜蘭。
此次動亂不僅打碎日軍已全面佔領臺灣的夢,為平定此次動亂,總督府不僅向新竹借調駐軍,也從廣島借兵來台才得以平息。
同時在桂太郎上任當天,雲林斗六也發生柯鐵帶人襲擊日本商店情事。而奉命前往討伐的守備隊也死傷大半。
這就是斗六人柯鐵,在太平頂高舉臺灣獨立義旗的「鐵國山抗日事件」,又稱為「雲林事件」。
由於抗日部隊採遊擊戰,使得支援的日軍毫無所獲,在無法交差下,斗六支廳長卻以:「雲林轄下無良民。」開始大肆屠殺,造成當地居民3,800多戶被燒,而死傷人數,臺灣警察沿革史,更以「台省被殺人民無法計數」來形容(七十107頁)。
由此激起的抗日風潮因而擴大。鐵國山的抗日曾使日軍從彰化到嘉義全部敗逃,當地幾無日軍。
同時(七十109頁)南部溫水溪附近,以黃國鎮為首,結合11位結拜弟兄,號稱「12虎」的抗日軍,得到柯鐵反日消息後,也自立為帝,定號為「大靖」,於7月10日開始攻打嘉義。此外,居住鳳山的鄭吉生也準備在八月起義攻打鳳山,不料消息走漏受傷而亡。有名的抗日英雄林少貓,因而取代在屏東一帶繼續抗日。
就在臺灣各地紛傳抗日之際,第3任總督乃木希典中將來台,這位日俄戰爭期間以大公無私精神,犧牲 2個兒子,領導日軍攻入旅順。
明治 44年(1901),明治天皇駕崩,為表心志,夫婦一起跟隨切腹而聞名的名將,是個非常廉潔正直的人。
雖然他在台期間,曾嚴格要求部屬廉潔,且以身作則。
甚至在治理臺灣陷入低潮時,為向世人宣示日本久治臺灣決心,以「抱定埋骨臺灣的覺悟」,不管臺灣瘴癘肆虐,堅持把他的母親和妻子一起移住來台。
結果使他的母親來台第2個月就病逝,埋骨台北板橋日人公墓至今。
而他和妻子也分別染上瘧疾,其妻不得不返日治病。
為平定臺灣的反抗軍,明治 29年(1896)10月,到任的乃木希典,最先採用「歸順政策」。
所謂「歸順制度」,即對來降者不僅既往不咎,同時,對勸導歸順有功者,也給予獎賞。
這個政策在初期極成功,在辜顯榮的勸導下,曾使鐵國山首領之一的簡義,帶領數百人出面歸順。
然而,最後卻因各官廳的爭功和濫捕,使人誤以為是誘餌,終而功虧一匱。
只施行3個月就不得不叫停。由於勸降失敗,最後只得訴之武力。
為此,他又制定了使人詬病的「三段警備制」(七十 119頁)。
所謂「三段」,係把臺灣區分成3區,即將雲林、溫水溪等抗日地區劃為「一等區」。
而除掉台北、台南等治安良好地區為「三等區」外,其餘皆為「二等區」。
其中一等區由憲兵負責,二等區則由憲兵和警察共同負責,至於治安較好的「三等區」則由警察負責。
這樣的分區,卻使臺灣的抗日勢力因而坐大。
原因是過去日軍能夠鎮壓抗日軍,乃因能利用集中兵力和火力,但現在卻被分散到各管各的區域。
不只兵力分散,抗日兵甚且知道利用游擊戰方式,同時搔擾兩、三個區,從警察區轉至憲兵區,或從憲兵區轉至警察區,就可免於被繼續緝捕而無事。
過度分工結果,導致「三段警備制」指揮系統大亂,警察和憲兵互相推諉責任。
「三段警備制」可說是日本治台最大的敗筆。