79年(1990) 8月就在李登輝召開國是會議後,為爭取憲政改革的機會,在保守勢力環視下,投其所好,籌組「國家統一委員會」,簡稱「國統會」。原來截至 76年(1987)開放兩岸探親以來,臺灣始終秉持著蔣經國,對共產黨「不接觸、不談判、不妥協」的「三不」政策。但開放探親政策施行後,仍能秉持此「三不」政策。
因此在李登輝主領下,總統府副秘書長邱進益,就規劃出所謂「三層接觸架構系統」。
以「國統會」負責決策,「陸委會」負責執行。
同時為避免行政單位與中國直接接觸,該年 11月,在陸委會下,並成立象徵民間機構的「財團法人海峽交流基金會」,簡稱「海基會」,以辜振甫為董事長,做為兩岸接觸的機構。
至於該基金會董事,因堅持只給民進黨一席,遭民進黨拒絕。
由於李登輝為取得國民黨高層的認同,一再拒絕民進黨主張,將國統會更名為「自由民主統一委員會」的建議。
這件事終引起民進黨內,新潮流對美麗島系的批判,因其附合「統派」李登輝召開國是會議。
不僅如此,李登輝甚至在 80年(1991)2月,聽信國統會委員的建議,制定讓黨外氣結的「國家統一綱領」,簡稱「國統綱領」。
這個沒有規定完成時效的「國統綱領」,李登輝曾私下商得康寧祥同意,期望他能以臺獨論點強力杯葛,使「國統綱領」的最後目標,始終停留在兩岸的關係上。
康寧祥為避免黨內責難發表「我的決定」。
以為若欲確保臺灣主權獨立於中國之外,應採逐漸方式,「國統會」將是過渡努力目標,故決定以個人身份參與國統會委員。
使得黃信介不得不聽從民進黨內中常會意見,停聘康寧祥的顧問身份。
同時對外表明康寧祥在國統會所作所為,皆與民進黨無關。
同時為反制「國統會」,落實民進黨對臺灣主權的主張, 79年(1990)10月,成立了「臺灣主權獨立運動委員會」。
以黃信介為主任委員,江鵬堅為執行長。12月25日,更發起以「臺灣主權獨立」為訴求,由中正紀念堂遊行至國父紀念館遊行。
該年底,並由國是會議在野聯盟,包括黃信介、田弘茂、吳豐山、鄭欽仁、許信良及陳永興等人,成立跨黨派的「保衛臺灣委員會」,並決定在不久後召開憲政會議。而海外臺獨人士蔡同榮,也在國統會成立不久,發起「公民投票促進會」召開大會,主張以臺灣住民投票方式,決定臺灣重要事務,憲政改革以及臺灣前途。
80年(1991)4月,繼終止「動員戡亂時期」後,也廢除「臨時條款」,兩岸終能停止敵對。
在此情況下,李登輝認為須根據該年3月5日,公佈實施的「國統綱領」,重新考慮與中國的關係。
於是 81年(1992)制定「兩岸人民關係條例」,規劃兩岸人民往來外,並推翻過去「漢賊不兩立」政策,承認大陸為事實的政治實體,提出臺海兩岸為兩個「對等政治實體」。
就在兩岸人民往來頻繁,兩岸事務性問題,在在需要兩岸坐下協商談判。
這時主張「一個中國」為談判原則的中國,卻不接受臺灣以兩岸為「對等政治實體」建議。
為遷就現實,國統會因而有內涵為「兩中各表」的「一個中國,兩個對等政治實體」論訴。
但這個後來常被誤解為「一個中國」的共識,卻是促成兩岸相隔四十多年後的第一次談判。
82年(1993)3月,在民進黨反對,僅以國共兩黨進行政治談判下。
海基會董事長辜振甫和海協會會長汪道涵,在新加坡舉行的「辜汪會談」,已達成了許多包括兩岸文書認證等協議。
對臺灣而言,在國際注目下能與中國對等談判,「辜汪會談」成為值得慶賀的成功案例。
有了「辜汪會談」經歷,李登輝進一步想達成與中共簽訂「和平協議」。
事實上,像「辜汪會談」這種正式談判,都是經過兩岸多次秘商達成的。
為使「和平協議」能夠簽定,李登輝委請新加坡前總統李光耀幫忙,並指示蘇志成辦理。
他以兩岸共同合辦彼此之國際航運,誘使中國簽訂「和平協議」。
但中國皆以「這是國與國之間的行為」加以規避,雖然如此,兩岸私下的協商仍是平和的。
84年(1995)除夕江澤民發表對臺所謂「江八點」的一個中國政策。
在中國期望得到臺灣善意回應時,李登輝即在國統會議上以「李六條」回應。
就在雙方保持善意接觸時,不料 84年(1995)李登輝在美國母校康乃爾大學邀約,前往美國發表演說。
原本已取得雙方認同的訪美行為,卻因中共軍方反對,江澤民不得不改弦易轍,不只取消原擬舉行的第二次「辜汪會談」。
且李登輝訪美事件後來竟演變成威嚇臺灣的「導彈事件」,因而停止雙邊談判,這是始料未及的事。
而兩岸間談判,直到 87年(1998)才又恢復。