陳水扁上任,就想兌現「廢核四」選舉政見,卻引起國親兩黨佔多數的立法院反彈。
原來 81年(1992)自從行政院長郝伯村,不顧當地居民嚴重抗議,通過恢復核四計劃,且對未取得建造和編列預算的核四,悄悄「違法」動工。以「非核家園」訴求抗爭的反核團體,於是在 83年(1994)組織「核四公投促進會」,由林義雄擔任召集人來加以對抗。不料 85年(1996)國民黨更藉立法院優勢,以「徵地業已完成,且部份工程已動工」為由,通過議案快速推動核四興建。
為凸顯國民黨的顢頇和無理,86年(1997)在林義雄帶領下,展開「核四公投千里行」活動。
由於他們主張,核四因會直接關係到國人安危,應交由全國人民「公投」來決定。
這種說法雖未被國民黨接受,反而無視他們的存在,加快腳步興建核四。
表面上,反核團體似無所為,但他們長期主張以「公投」,做為重要政策的說法,卻像上課一樣,不停的教導國人。
88年(1999)9月民進黨透過許文龍與總統府連繫,建議能將公投入憲,並要求國代能由政黨比例產生。
但李登輝因顧及美國,且黨內外不同意見,故不主張公投入憲。隔年 5月,陳水扁就任總統,為對付立法院佔多數國親兩黨的無理杯葛,因而制定「公投法」。使得 93年(2004)總統大選臺灣是否同時舉行「公投」,「總統大選綁公投」成為朝野爭執問題,這是始料未及的。
陳水扁就任總統後,臺電仍以臺灣若不興建核四,到 93年(2004)北部將會嚴重缺電為由繼續恫嚇。
但就任經濟部長的林信義卻提出不建核四,七年內不但不缺電,且到 96年(2007)備用電力尚餘 15-20%說法反駁。
朝野對興建核四看法南轅北轍,雖然在立法院陳水扁仍無法對抗國親兩黨勢力。
因此指示行政院長唐飛,成立中立的審查會。然後根據審查結果決定是否興建。
但卻為不願違反國民黨政策的唐飛拒絕,以「堅持建核四,否則辭職」為由離開行政院。
繼任行政院長張俊雄立即在 10月底,宣佈核四停建。但佔立法院多數的國親兩黨,立刻在隔年一月底加開臨時會,以 134票對70票決議核四復工,使得行政院停工之舉,功敗垂成。但在此核四興建與否攻防戰中,謠傳國民黨高官索取回扣,故不得不建。由於謠言甚囂塵上,逼得監察委員不得不出面調查,核四決策時是否涉及佣金,最後仍像拉法葉艦案一樣不了了之。
在核四攻防戰中,朝野激烈對立,國親兩黨尤其對陳水扁以「行政院不尊重立法院」,提出嚴重抗議。甚至陳水扁出面邀請連戰對談,就在雙方握手時,行政院卻無預警的突然宣佈停建。國親兩黨以「無誠意」為由,簽署罷免總統,並以「立法院二百二十位委員中,如有三分之二同意就可罷免總統」,國親兩黨此舉已造成憲政危機,違反 90年(2001)3月12日內政部通過「正副總統就職一年內不得罷免」修正案。
因剛當選的總統,五個月內仍未能見到其政績,無重大缺失,不構成罷免理由外。設若真罷免成功,臺灣也無需選舉總統了,直接由立法院指揮行政院就可。何況全民選出的總統,立法院是否有權罷免尚是爭議。就在朝野爭執時,希望能透過學者客觀立場協助政府。關心臺灣的人士,於是在臺灣南部結合醫師、律師、學者成立「南社」。
89年(2000)6月對行政院是否有權自行宣佈核四停建,最後訴之大法官解釋。
但最高法院,卻以「並不違法,但有問題」答覆。
此種和稀泥的判決,引起臺灣精英們的危機意識,鑑於立法院不能和協議政,於是中部地區也在該判決後不久,成立了「中社」。「南社」更在行政院停建核四時,立法院包含國親兩黨的藍軍,主張修法「罷免」總統時,為反制此鬧劇,於是在南部發起罷免包括立法院長王金平在內,國親兩黨立委的簽名運動,才遏止立法院此種可藉修法專制,形成立法院獨裁的違憲行逕。
可惜的是,90年(2001)繼「南社」、「中社」成立後,臺灣北部也在該年 6月成立「北社」。成立大會時陳水扁前往慶賀,巧遇被邀前來演講的李登輝。由於他們兩人摒棄過去選舉恩怨,牽手在台上,共同祝福臺灣的未來。不料,卻被有心媒體冠以「扁李體制」,將李登輝的「本土化運動」,技巧的與陳水扁台獨背景,全被歸入「臺獨體系」,分化了李登輝在國民黨核心的影響力,並以此要求開除李登輝黨籍,後因有黨員反對而作罷。