臺灣雖為清廷統治,然而當時的滿清甚至中國人,皆以為中國為世界的中心,根本無視四鄰國家的發展,何況海外。因此對臺灣的治理,始終以防止成為海寇聚集地,免蹈明朝海寇為害的濫殤。故治臺之初,不但不用心臺灣政治,革除明鄭時的苛稅,照當時施行在福建省的稅賦,平等對待臺灣人,僅以「照舊」二字,使臺灣又陷入明鄭苛稅。雖然當時施琅也曾上疏力爭:
「今部臣蘇拜等所議錢糧數目,較偽藩鄭克塽所報之額,相去不遠。在鄭逆當日潛稱一國,自為一國之用度。因其人地,取其餉賦,未免重科。茲部臣等奉有再議之旨,不得不就此數目覆議。」
然仍無法改變清朝粗糙治臺,海外偏安的想法。另一方面,為避免漢人在台聚眾成寇,於是採侍郎蘇拜的建議,將在臺漢人盡徙內地。事實上,施琅在《陳臺灣棄留利害疏》時,曾言及臺灣人民稠密,戶口繁息,若欲將在臺漢人盡徙內地「以有限之船,渡無限之民,非閱數年,難以報竣。」然而施琅所見,實為漢化平埔族雜處情形,等到真正重遷,才發現在臺漢人不多,故征臺第二年,施琅又上疏:
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「自臣去歲奉旨蕩平偽藩,偽文武官員丁卒與各省難民,相率還籍,近有其半。」
事實上,明鄭在台漢人不多,記載在《福建通志》則稱全臺人口共漢丁口「16,820」。
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而正確數目可以下列資料驗證。即明鄭抽取厝餉(房屋稅),故從厝的稅收數,可檢驗此人口數目的合理性。
康熙 24年(1685)諸羅首任知縣季麒光,曾對當時清廷以明鄭舊額,「照舊」對臺民收厝餉時提出異議。
他覆議時曾多次談到臺灣情景,其中對臺灣府房厝數目有詳盡的說明,他覆議:
「街市店厝偽額共 6,270間半。今臺灣人民星散,傾壞甚多,除倒壞 1,565間半,實在瓦厝 2825間,草店厝 1,880間。諸羅縣所轄俱係番社,並無街市店厝,合併聲明請免。」(二六五上247頁)
明鄭移民因競相還籍,故房屋傾壞者多,統計全台僅賸4千7百多戶,其中諸羅縣因係番社故無房厝。除厝數外,明鄭兵員集中的安平鎮,他也說:「鎮省渡船34隻,年徵銀400兩。查鄭克塽及偽文武皆住安平鎮。往來絡繹,故有是餉。今止住營,兵稅從何來?」清楚說明安平鎮及臺灣府民居情形。
由此可知當時移民實際不多,何況這些房厝還包括有番民雜處在內的人口。所以首任臺灣知府蔣毓英修《臺灣府志》,對報丁的「戶口」記載,說:「口偽(鄭)額二萬一千三百二十,底定存冊一萬二千七百二十四。」其報丁繳稅的人口數,又比《福建通志》所記載的還少,可見隨著歲月遷移,許多在台漢人還在相繼還籍。
康熙27年(1688)《華夷變態》記載,曾有臺灣船駛入長崎,稱尚有2船準備渡海到長崎,然因人口減少,無種甘蔗的人,糖產量已大為減少,恐載貨不足不能啟程,以前臺灣甚為繁盛,居住的漢人有「數萬」。自隸清後,居民年年回歸漳泉、廈門等地,現僅有漢人「數千名」。故糖和鹿皮的生產已不及從前1/10(一八七34頁)。
而臺灣漢人的減少,不只臺灣府,明鄭時闢有27處港口,除散佈於曾文溪和二仁溪間,所謂台江7個港口外,其餘皆已為全台南北往來交通樞杻,像打狗、笨港、鹿港、淡水和雞籠港等,對這些港口,季麒光也說:「查港社係土番所居,紅毛始設,贌商稅額尚輕,偽鄭因而增之。」(二六五上245頁)
這些港口因部份移民離去,仍有六個港仍未承贌(租)出去,其餘21港則已減價 3/10承贌出去了。
這段敘述,從港口也採平埔族的承贌制度,說明了臺灣許多重要地方,皆為平埔族,而且顯明清初平埔族人除耕作捕獵外,也熟知捕魚、從商儼然漢人樣式。這也是為何施琅初抵臺灣,有「臺灣人民稠密,戶口繁息。」之說。面對這麼多人,若欲盡徙內地,而有「以有限之船,渡無限之民。」的感嘆。
其實這是誤解,是初到臺灣的表面觀感,等時日一久,才知這些人原來是平埔族人,「彌山遍谷,多屬土番」。
這是後來他改口,且以一年不到時間,達到「相率還籍,近有其半。」的原因。