康熙36年(1697)《諸羅縣志》曾記載最初設縣情形,說:「當設縣之始,縣治草萊,文武各官僑居佳里興(台南佳里),流移開墾之眾,極遠不過斗六門(斗六)。北路防汛(邊防),至半線牛罵(彰化)而止,皆在縣治 200里(約115公里)之內。」而郁永河在《裨海紀遊》描述:「佳里興以北,悉屬平埔番部落,幾無漢人足跡」。
但到康熙43年(1704)《諸羅縣志》卻又記載:「流移開墾之眾,已漸過斗六門以北矣。」(二七四卷七總論)由於北上者多,造成許多治安問題,清廷責成臺灣兵備道王敏政,採取嚴格的「護番」措施,安撫北部番社,規定:
「凡通事、社棍有朘削者,嚴厲禁之;番車有濫派者重行懲罰。漢人與熟番任意契約,給出番埔番地,卻行開墾時,須先呈請官府,由官方調查現地漢番之利害是非,以定准否,其請得批准者,責令開墾人履行與番民契約條件,依法對官報課陞科,且嚴禁無賴奸宄混入。」(九十三121頁)
且為防止北部流民為亂,該年將諸羅、鳳山設縣以來,未落實的縣署予以落實。過去鳳山雖置縣,但因
「土地寥廣,文武職官多僑居府治,至康熙43年,知縣始駐境。」
而諸羅亦復如此。
「置縣後,以民少番多,距郡遼遠,縣署北路參將營,皆在開化里佳里興,離縣治80里。」
這兩縣都是到康熙 43年(1704)才奉命,將文武官員全部移歸諸羅山,縣治始定(二七六卷二132頁)。
雖已落實縣治,仍擋不住向北開拓的移民潮。康熙 49年(1710)《諸羅縣志》又說:
「數年間而流移開墾之眾,又漸過半線大肚溪以北矣!此後流移日多,乃至日南、後壠、竹塹(新竹)、南崁、所在而有。」(二七四卷七總論)
為了擋住這股潮流,有人主張開放彰化一帶墾地,但熟知康熙「以番制漢」台廈道陳璸卻對上述主張下達「永行禁止」令,他上書說:「內地人民輸課田地,皆得永為己業,而世守之。各番社自本朝開疆以來,每年既有餉額,則該社尺土皆屬番產,或藝雜籽,或資放牧,或留充鹿場,應任其自為管業。且各社毗連,各有界址,是番與番不容相越,豈容外來人民侵占。」
為了防止豪強混冒請墾、縣官朦朧給照,陳璸更提出:
「應將請墾番地,永行禁止。庶得番保有常業,而無失業之嘆。」
當時嚴格禁止流民私越大甲溪(一九一15頁)仍無效果。
康熙 56年(1717)出版之《諸羅縣志》又說:
「30年來,附縣開墾者眾,鹿場悉為田,斗六門以下,鹿獐鮮(少)矣!」對於彰化以北土地的開墾,文中也提出警告說:「今半線(彰化)以至淡水,水泉沃衍,諸港四達,猶玉之在璞也,舟楫來往,亦既知其為玉矣!而雞籠(基隆)為全台北門之鎖龥,淡水為雞籠以南之咽喉,大甲、後壠、竹塹水陸皆有險可據。」﹝二七四卷十二)
彰化地位重要,當時以港口為交通樞杻所在,都有被隨時開墾。
同時為防備潛伏,在臺灣淡水之中國海盜,康熙 49年(1710)終在淡水設分防千總,並增加大甲地區七塘的兵力。
但因流移開墾急遽增加,犯罪問題叢生,以致政令巡防不能與之配合,遂發生各種統治上的困難。《諸羅縣志》又說:
「以去縣日遠,聚眾行兇,拒捕奪犯,巧借名目以墾番地,廬番之居,妻番之婦,收番之子。番畏其眾,強為隱忍。相仇無已,勢必搆禍,而大甲以上官兵,初至不習水土;又地方遼闊,塘汛(邊防兵力)寡弱,無事空抱瘴癘之憂,有事莫濟緩急之用。」問題之多,不但難治,且飽受瘴癘之害。