2. 日本治台初期

前期武官總督時期，指的是明治28年（1895）臺灣首任總督樺山資紀，第二任總督桂太郎，以及第三任總督乃木希典等3人。
這時期因日本初領臺灣，故其治台的方針，係以平定臺灣動亂和避免征台日人死亡為主。

首先被委以重任，則為鹿耳島人薩摩出身的樺山資紀。他曾在「牡丹社事件」中，以少佐身份隨軍來台，因此在甲午戰爭後，也以權威身份被派來台。而同行的臺灣民政局長官水野遵，則曾在明治 3年（1870）留學中國，被視為接收臺灣，可與中國談判的人才而被任命。
日本人來台初期，除了面臨臺灣人激烈反抗外，接踵而來的困難也很多，其中最頭痛的就是水土不合。
臺灣瘴癘之害，甚至連中國移民都無法倖免。康熙 36年（1697）郁永河就曾在《裨海紀遊》形容臺灣瘴癘為害之大，他說：
「瘴癘所積，人至即病，總戎王公命弁率百人戍下淡水，才兩月，無一人生還。」

康熙 56年（1717）陳文遠也在《鳳山縣志》述及：
「水土毒惡，歴任皆卒於官，甚至闔家一無生還者。」（二三○128頁）

臺灣的瘴癘，根據明治 29年（1896）調查，當時傳染病大致有霍亂、鼠疫、赤痢、天花、傷寒、腸病毒、白喉、猩紅熱、黑死病和各種寄生蟲等。這些瘴癘，不僅使日人過去在「牡丹社事件」中蒙受重大損失。此次攻台行動，也遭受重大傷亡。像攻台先行佔領澎湖的日軍，結果 6,000多人登陸後，卻有 1,200多人感染霍亂而亡，最後集體葬於澎湖即「千人塜」由來。其中最讓日軍損失慘重，乃是明治 28年（1895）8月進攻彰化卻遇瘧疾，整個師困陷於此，病人擠爆野戰醫院。使原僅 164人死亡的攻台人數。暴增至 4,600多名，病患高達26,900多人，震驚全日本（二三○ 135頁）。

為避免日軍來台受害，於是開始整頓環境。
當時台北市人口約 1萬 2千人，人口雖不多，但到處養豬充斥豬糞。
此外許多地方吸食鴉片，賣淫等行為，根據調查，光妓女戶數就佔總戶數 四％左右（二三○  46頁）。
故在 6月 7日進入台北的 2天後即設立「基隆醫院」。
6月 16日公佈「清潔法」，並開始從事台北市排水溝工程改善衛生。
並在 6月 17日宣佈統治的「始政式」後，即由總督府組織「衛生委員會」， 6月 20日並在台北大稻埕成立台北醫院前身，也是後來成為臺灣大學附屬醫院的「大日本臺灣醫院」，濱野昇為首任院長。但濱野昇旋又去職，院長一職隨著臺灣不穩的行政變更，更換不已。直到兒玉總督任內，聘請後藤新平來台就任民政長官，在他規劃下方才穩定下來。