為了支援高鐵,執政的民進黨可謂動員了所有國營事業、官股銀行,以及官股法人企業,像由行政院經建會主導的中長期資金,從各銀行融資了2100億元。也要求勞保、郵政儲金、及退撫等三大基金融資3百億元給高鐵,此外,還有銀行團聯貸1千億元。其他像台糖、中鋼、航發會、中技社、行政院開發基金也都被要求,分別投資了 30至 50億元不等的資金,卯注高鐵。因而又形成了另一件由政府出資民間經營的 BOT案。
這個案子所以有名,是在經營過程中雖遇不可預測的困難,但殷琪都能以毅力完成這條被民間視為民進黨政績的高鐵。
當然過程中,行政院長謝長廷的支持是一大關鍵。
事實上,政府為鼓勵重大工程,曾在 90年(2001)10月公佈了「促進民間參與公共建設法」,第四條規定民間機構有政府、公營事業出資或捐助者,其出資或捐助不得超過民間投資額百分之二十。但 91年(2002)6六月卻又公佈了「獎勵民間參與交通建設條例」,其中第四條規定,民間機構政府出資者,其間接、直接投資合計不得高於該公司資產百分之二十。
謝長廷延用前者不將間接成本計入,故在 90年(2001) 9九月直接、間接成本達百分之 35時,其中多數是間接投資,仍可對外宣佈投資高鐵離規定上限百分之 20,尚有百分之 8空間,使殷琪在最後努力階段可不受財務困擾專心把高鐵工程完成。如此一來當然引來在野黨抗議,尤其國親兩黨佔多數的立法院,反對聲浪不斷,以圖利財團為名,不但阻止政府繼續投資,同時也以高鐵弊案連連,產生高鐵與政府掛勾「黑金」的形象被批評。最後通過 3千 259億元,準備以強制手段買回坐看民進黨的國家建設笑料。
其中最讓人困擾的,是親中媒體的烏龍報導,像 12月 23日完工前夕,中國時報以「日本三專家訪查後,提前離台,不參加總結會議」,報導「資料外流,暴露高鐵八大缺失」等錯誤的報導,聳人聽聞。加上親民黨立委李鴻鈞與劉文雄,以參與高鐵建設的日商,達不到盈餘目標,故意以日本媒體,配合曾任職日本新幹線列車行駛部門的齋藤雅男的話,來修理高鐵,藉以增加其經費。說雲、嘉、南地區每年抽水,可能造成地層下陷:「要是下陷,速度不一致,每段只要落差超過十公分,那麼時速三百公里的高鐵會不會成為雲霄飛車?」(三七六9頁)
更是造成人心惶惶要求高鐵停建,這問題後來又被這位爆料的專家否認。
高鐵行經台南科學園區,是否會引起震動,而為南科帶來無法計數的金錢損失,指責高鐵防震設計不當。
使高鐵不得不再出資數十億元做減震工程。
不料就在減震工程完成後,卻又說這項工程原是不需要的,最後甚至成為法院偵察重點。
台南地檢署檢察官高峰祈,為了證明減震工程不必要,親自訪談政府官員、專家學者及南科廠商,甚至以台積電設廠前的評估報告,結論說「減震案根本是創造出來的」。有了這個結論,尤其對評審結果,鴻華公司出價九十八億,高出最低廠商低價三十倍,也比第二高價廠商的十八億五千萬高出許多。檢察官認定負責該案,學術界極富盛名的國科會副主委謝清志官商勾結,遭到覊押。
謝清志,台南縣七股鄉人,美國密西根大學航空博士,留學期間因被疑為台獨成為黑名單不能歸國,後來在美國空軍所屬航太公司從事航太研發,享譽美國太空界,多次想回台貢獻所學不得其門。直到李登輝上台取消黑名單,84年(1995)得以回台,放棄美國高薪及綠卡參與主持國科會航太科技,88年(1999)福爾摩沙科學衛星一號發射成功,便是其主持下成果。2000年5月陳水扁上台,謝清志被禮聘為國科會副主委,同時在其督導下,成功發射了福衛二號及三號。謝清志在民進黨主政下,清廉的形象,輝煌的太空成就,早成為臺灣人驕傲,也是直接見證過去國民黨黑名單的不是。
不料在高鐵減震工程上,謝清志被指稱虛誇鴻華公司減震效果,同時在評審過程,要求評委無需考慮成本加以配合,使鴻華公司獲利,扣除成本涉嫌圖利廠商三十四億元。並在 95年(2006)12月 25日對謝清志等一干評審,包括國科會科員林延旭,以及蔡崇興、林聰意、鍾立來、洪思閩、楊明放、許澤善、李賢華等評選委員,分別起訴求刑五至十五年不等。享有清譽的謝清志甚至被覊押禁見,使得民進黨更是臉上無光。
當許多人準備坐看民進黨笑料時,結果在殷琪努力下高鐵終究完成, 11月開始試車,雖然在野黨罵聲連連,因法製設施和日規機電核心整合不易,加上雙方專家言語不通,常會出錯,故有「八國聯軍」之譏。尤其,最後營運時電腦購票「當機連連」,造成購票者極度不滿,加上媒體有意渲染,造成高鐵「差勁」的印象,報導都是負面的,使得這個原本可風風光光報導的臺灣重大工程, 95年(2006) 12月 24日高鐵通過履斟,隔日只能沈默的開始營運。
有趣的是,這個被泛藍批評得一文不值工程,在政黨惡鬥中,馬英九在高鐵興建中,對高鐵也多有批評,不但質疑高鐵為 BOT的負面教材,通車後也一度以安全理由拒搭。但 96年(2007) 4月 1日他卻以買不到機票為由,初步搭乘高鐵,並改口稱:「搭乘高鐵平穩舒適,一點也不輸給日本新幹線、法國TGV高鐵」。但當記者問他,是否記得當初的批評,他則說:「沒有印象」。